可以起诉，但能否胜诉及具体维权路径需结合实际情况判断。以下从不同角度展开分析：

1. 票据金额与结算金额不符的法律性质
   若供货票据（如送货单、对账单）明确记载了货物数量、单价及总金额，而结算时实际支付金额低于票据金额，可能涉及两种法律关系：

   • 合同纠纷：若双方存在书面或口头供货合同，结算金额与合同约定不符，供货商可依据《民法典》第577条（违约责任）要求买方按合同约定支付货款；
     
   • 不当得利纠纷：若买方无法证明其扣减货款的合法依据（如质量问题、数量短缺等），供货商可依据《民法典》第985条主张买方构成不当得利，要求返还差额。

2. “通过关系结账”对案件的影响

   • 若“通过关系结账”指买方利用非正当手段（如贿赂、胁迫）迫使供货商接受低于票据金额的结算，可能涉及《民法典》第150条（胁迫）或第154条（恶意串通），供货商可主张撤销结算行为，要求按票据金额重新结算；
     
   • 若“通过关系”仅指双方协商后自愿调整金额，但无合法依据（如未达成书面变更协议），供货商仍可主张原票据金额，但需承担举证责任证明协商过程存在欺诈、显失公平等情形。

3. 关键证据与诉讼策略

   • 证据收集：需保留供货票据原件、送货单、对账单、结算协议（如有）、沟通记录（如微信、邮件）等，证明实际供货数量、单价及总金额；
     
   • 诉讼方向：若买方主张货物存在质量问题或数量短缺，供货商需反证货物符合约定（如质量检测报告、验收单）；若买方无法提供合法扣款依据，可直接以票据金额起诉要求支付差额；
     
   • 时效问题：注意诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算，避免因超期丧失胜诉权。

建议行动步骤：

1. 整理所有供货票据及结算凭证，核对金额差异；
   
2. 与买方沟通，要求书面说明扣款原因及依据；
   
3. 若协商无果，可委托律师发送律师函催告支付；
   
4. 仍不履行的，向法院提起民事诉讼，主张货款及逾期利息。
   

如有进一步细节（如合同条款、沟通记录等），可向我补充说明，以便更精准分析。