工厂考核员工3000元是否合法，不能一概而论，需结合具体情况分析。以下是从不同角度进行的详细分析：

1. 考核制度合法性

• 合法情形：若工厂制定的考核制度（包括考核标准、方式、奖惩措施等）经过民主程序（如职工代表大会讨论、与工会协商等），且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该考核制度合法。在此前提下，若员工因考核未达标被扣减3000元，且扣减金额未超过员工当月工资的20%（或扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准），则可能合法。
• 违法情形：若考核制度未经民主程序制定，或内容违法（如规定“迟到一次扣全部工资”等），则该制度违法。在此情况下，工厂以考核为由扣减员工3000元，显然违法。

2. 扣减工资合法性

• 合法扣减：根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若员工因考核未达标给工厂造成经济损失，且扣减金额符合上述规定，则可能合法。
• 违法扣减：若扣减金额超过员工当月工资的20%，或扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，则违法。此外，若考核与经济损失无直接关联，或工厂无法证明员工因考核未达标给其造成经济损失，则扣减工资也违法。

3. 劳动合同与规章制度

• 劳动合同约定：若劳动合同中明确约定了考核标准及奖惩措施，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，则工厂按合同约定扣减员工工资可能合法。
• 规章制度规定：若工厂规章制度中规定了考核制度及奖惩措施，且该制度经过民主程序制定并公示，员工也已知悉并同意，则工厂按制度扣减员工工资可能合法。但需注意，规章制度的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定。

4. 法律建议

• 核查制度：建议员工首先核查工厂的考核制度是否经过民主程序制定，内容是否合法。
• 核对金额：核对扣减金额是否超过当月工资的20%，或扣除后剩余工资是否低于当地最低工资标准。
• 保留证据：保留与考核相关的证据（如考核表、工资条等），以便在发生争议时维权。
• 寻求帮助：若认为工厂扣减工资违法，可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁。

总结：工厂考核员工3000元是否合法，需结合考核制度的合法性、扣减工资的合法性、劳动合同与规章制度的约定等多方面因素综合判断。若您对此有疑问或认为工厂行为违法，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供法律建议。