如果员工工伤仲裁公司输了钱，公司应当按照仲裁裁决来履行相应的赔偿义务。具体来说，可以分以下几种情形来处理：
对终局裁决外的其他仲裁裁决不服：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五十条，如果公司对终局裁决以外的其他仲裁裁决不服，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
- 在此期间，如果公司未提起诉讼，则仲裁裁决书将发生法律效力，公司必须按照裁决书的内容履行赔偿义务。
对终局裁决不服：
- 对于某些特定的劳动争议，如追索劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等，且金额不超过当地月最低工资标准十二个月金额的争议，仲裁裁决为终局裁决。
- 如果公司对终局裁决不服，不能直接向人民法院起诉，而应先申请撤销仲裁裁决，然后再向人民法院起诉。但这一过程较为复杂，且撤销仲裁裁决的成功率相对较低。
- 在未成功撤销仲裁裁决前，公司仍需按照裁决书的内容履行赔偿义务。
没有不服的：
- 如果公司对仲裁裁决没有异议，或者未在法定期限内提起诉讼或申请撤销仲裁裁决，则仲裁裁决书将发生法律效力。
- 此时，公司必须按照生效的仲裁裁决书或者仲裁调解书的内容履行赔偿义务，包括支付工伤赔偿金、医疗费、误工费等。
法律建议：
- 及时履行赔偿义务：公司应当尽快按照仲裁裁决的内容履行赔偿义务，以避免因拖延履行而产生的额外费用或法律责任。
- 考虑法律途径：如果公司对仲裁裁决有异议，且认为裁决存在错误或不当之处，可以在法定期限内提起诉讼或申请撤销仲裁裁决。但这一过程需要谨慎考虑，并咨询专业律师的意见。
- 加强内部管理：为了避免类似纠纷的再次发生，公司应当加强内部管理，完善劳动合同制度，确保员工的合法权益得到保障。
可能的法律后果：
- 如果公司未按照仲裁裁决的内容履行赔偿义务，员工可以向人民法院申请强制执行。
- 在强制执行过程中，公司可能面临财产被查封、冻结或拍卖等风险，以强制其履行赔偿义务。
- 此外，公司还可能因未履行赔偿义务而面临信用受损、声誉下降等负面影响。
因此，建议公司在面对工伤仲裁败诉时，积极履行赔偿义务，并考虑通过法律途径维护自身权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。