企业承包人承包期届满仍不交还企业，损失的计算需根据实际损失类型和证据情况综合确定，具体可分为以下几种情况：

1. 直接经济损失的计算
   若企业因承包人拒不交还导致无法正常经营（如设备闲置、场地占用、订单流失等），损失通常按“实际损失金额”计算。例如：

   • 场地占用费：可参照当地同类场地租金标准，按实际占用时间计算；
     
   • 设备闲置损失：若设备因承包人占用无法投入生产，可按设备折旧费或租赁替代设备的费用计算；
     
   • 订单违约损失：若因承包人行为导致企业无法履行合同，需赔偿合同相对方的实际损失（如违约金、差价损失等），但需以企业能证明的直接损失为限。
     

2. 间接经济损失的计算
   若企业因承包人行为遭受商誉损害、客户流失等间接损失，需满足以下条件方可主张赔偿：

   • 损失与承包人行为存在直接因果关系（如承包人占用企业期间发生负面事件导致客户流失）；
     
   • 企业能提供充分证据证明损失金额（如客户流失导致的长期利润减少、品牌价值贬损等）。
     注：间接损失的赔偿范围通常较严格，法院可能根据实际情况酌情支持部分金额。

3. 违约金或约定赔偿的计算
   若承包合同中明确约定了“逾期交还企业的违约金”或“损失赔偿计算方式”，企业可优先按合同约定主张赔偿。但需注意：

   • 违约金过高（超过实际损失30%以上）的，承包人可请求法院调整；
     
   • 约定赔偿需合理，若明显高于实际损失，法院可能不予全额支持。

4. 举证责任与证据要求
   企业主张损失时，需承担举证责任，证据包括但不限于：

   • 承包合同、交还期限约定；
     
   • 承包人拒不交还的书面证据（如通知、沟通记录）；
     
   • 损失计算依据（如租金发票、设备评估报告、订单合同、客户流失证明等）。
     若证据不足，法院可能按最低合理标准或酌情判决。

建议行动步骤：

1. 立即向承包人发出书面《交还通知》，明确期限及逾期责任；
   
2. 收集损失相关证据（如财务记录、合同、沟通记录等）；
   
3. 协商无果后，尽快向法院起诉，主张交还企业并赔偿损失；
   
4. 若承包人行为涉嫌侵占或破坏企业财产，可同步向公安机关报案。
   

如有具体案件细节或证据材料，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的法律分析。