当在职仲裁期间公司辞退员工时，员工可以采取以下步骤来维护自己的合法权益：
一、确认辞退的合法性及仲裁受理范围
首先，员工需要确认公司辞退自己的行为是否合法。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，因用人单位解除劳动合同引发的争议，包括无正当理由辞退、未依法支付经济补偿等情况，均属于劳动仲裁的受案范围。如果员工认为公司的辞退行为不合法，那么有权在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请。
二、准备仲裁材料
如果员工决定提出仲裁申请，需要准备以下材料：
仲裁申请书：详细列明个人信息、用人单位信息、仲裁请求（如要求公司支付违法辞退的赔偿金、未支付的工资等）、事实理由（即公司辞退自己的具体情况及不合法性）、证据清单等。
证据材料：
身份证明：提供身份证原件及复印件。
三、选择仲裁委员会并提交申请
员工需要选择劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会进行申请。如果两地均申请，则由合同履行地的仲裁委管辖。携带准备好的材料至选定的仲裁委员会提交申请，并等待五日内是否受理的决定。如果仲裁委要求补充材料，员工需要按需补充。
四、参与仲裁庭审
庭前准备：员工需要熟悉仲裁流程，必要时可以聘请专业律师代理，以确保自己的权益得到充分保护。
庭审表现：在庭审中，员工需要保持冷静，理性陈述自己的观点和理由，积极回应仲裁员的提问。同时，也要注意听取公司的陈述，以便进行反驳。
证据展示：员工需要有序出示自己的证据，并进行质证，确保证据的有效性。如果公司提出反驳证据，员工也需要进行质证和反驳。
五、等待与执行裁决
裁决期限：仲裁庭一般在受理后四十五日内作出裁决，复杂案件可延长十五日。员工需要耐心等待裁决结果。
裁决效力：如果员工对裁决不服，可以在十五日内向法院起诉。如果公司对裁决不服，在法定情形下也可以向中级法院申请撤销裁决。但在此之前，双方应尊重并执行裁决，履行相应义务。
执行义务：如果裁决结果对员工有利，且公司未提起诉讼或申请撤销裁决，那么公司需要按照裁决内容执行，如支付赔偿金、工资等。如果公司不执行，员工可以向法院申请强制执行。
六、综合建议
积极沟通：在仲裁前后，员工可以考虑与公司进行协商或调解，以寻求双方都能接受的解决方案。这不仅可以减少法律成本，还可以维护相对和谐的关系。
法律咨询：面对复杂的法律问题，员工可以及时寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保护。律师可以提供专业的法律建议和指导，帮助员工更好地应对仲裁过程。