单位开除员工时，经济补偿金的计算并不扣除月工资中的罚款。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、经济补偿金的计算基础
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，经济补偿金是按照劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付的。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，它包括了基本工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入，但并不包括因劳动者过错而被单位扣除的罚款。
二、罚款的性质与处理
罚款通常是单位对劳动者违反规章制度或劳动合同约定的一种惩罚措施。然而，在计算经济补偿金时，这种惩罚性的扣除并不被考虑在内。经济补偿金的目的是对劳动者因劳动合同解除或终止而遭受的损失进行补偿，其计算应当基于劳动者实际获得的工资收入，而非扣除罚款后的净收入。
三、特殊情况下的处理
如果罚款属于非法扣除：即单位没有合法依据或程序对劳动者进行罚款，那么这种罚款不仅不应从经济补偿金中扣除，劳动者还有权要求单位返还被非法扣除的款项。
如果劳动合同或规章制度中有特别约定：虽然这种情况较为罕见，但如果劳动合同或单位规章制度中明确规定了在经济补偿金计算中需要扣除某些特定费用（非罚款性质），且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么可能需要按照约定执行。但罚款并不属于此类可扣除的费用。
四、法律建议
劳动者应保留相关证据：如工资条、罚款通知等，以便在需要时证明自己的工资收入和罚款情况。
与单位协商：如果对经济补偿金的计算有异议，可以与单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
寻求法律援助：如果协商无果，劳动者可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
综上所述，单位开除员工时，经济补偿金的计算并不扣除月工资中的罚款。劳动者在面对此类问题时，应了解自己的权益和法律途径，以维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。