员工工伤扣上级领导工资一般是不合法的。以下从不同角度进行分析：
一、法律角度
根据《工伤保险条例》等相关法律法规，员工因工作遭受事故伤害或者患职业病进行治疗，享受工伤医疗待遇，其治疗费用、康复费用、住院伙食补助费、交通食宿费等，以及因工伤导致的停工留薪期内的工资福利待遇，均应由工伤保险基金或用人单位承担。这些规定明确了工伤赔偿的责任主体是工伤保险基金或用人单位，而非上级领导个人。因此，从法律层面讲，员工工伤扣上级领导工资缺乏法律依据，是不合法的。
二、管理角度
从企业管理角度来看，员工工伤是企业在运营过程中可能面临的一种风险。企业应当通过建立健全的安全生产管理制度、提供必要的安全防护措施、加强员工安全教育培训等方式，来预防和减少工伤事故的发生。当员工发生工伤时，企业应当积极承担责任，按照法律法规的规定给予员工相应的赔偿和待遇。将工伤责任转嫁到上级领导个人身上，不仅不符合法律法规的规定，也不利于企业的长期稳定发展。它可能引发员工之间的矛盾和不满，影响企业的团队凝聚力和工作效率。
三、实际操作角度
在实际操作中，如果企业因为员工工伤而扣上级领导工资，可能会面临一系列的问题。首先，这种做法可能违反企业的规章制度和劳动合同约定，导致企业面临法律风险。其次，它可能损害上级领导的合法权益，引发劳动争议和纠纷。最后，这种做法也不利于企业建立公平、公正、合理的薪酬和奖惩制度，影响企业的整体管理水平和员工满意度。
四、建议
如果企业或员工在工伤赔偿方面遇到任何问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。