关于困难职工补助申请是否会查有无案底的问题，这主要取决于具体的申请类型和当地的政策规定。不过，我可以根据一般情况和您提供的参考信息，给您一个较为全面的解答。

首先，对于司法救助申请，它主要关注的是申请人是否因案件导致生活困难，并无法通过诉讼获得有效赔偿。在申请司法救助时，虽然直接的法律条文可能并未明确提及需要查询案底，但申请过程中需要提交的材料，如实际损害结果证明、是否获得赔偿或救助的情况说明等，可能会间接涉及到案件的相关情况。然而，这并不意味着会直接查询申请人的案底记录，而是更侧重于案件对申请人生活造成的影响。

其次，对于困难职工家庭申报，如北海市的相关规定所示，它主要关注的是职工家庭的经济状况、收入情况、刚性支出等，以确定是否符合救助条件。在申请过程中，需要提交的材料包括家庭成员的身份证明、收入证明、疾病诊断证明、在校就读证明等，这些材料主要是为了证明申请人的经济困难和致困原因。从这些规定和要求来看，并没有直接提及需要查询申请人的案底记录。

但是，需要注意的是，无论是司法救助还是困难职工家庭申报，申请人都需要如实提供相关信息和材料，并配合相关部门的调查和核查工作。如果申请人故意隐瞒家庭真实情况或提供虚假申请材料，不仅可能导致申请被拒绝，还可能面临法律责任。

总结来说，困难职工补助申请是否会查有无案底，并没有一个统一的答案。它取决于具体的申请类型、当地的政策规定以及申请过程中是否需要提供与案件相关的材料。但无论如何，申请人都应该如实提供相关信息和材料，并积极配合相关部门的调查和核查工作。如果您对具体的申请流程或要求有疑问，建议咨询当地的工会或相关部门以获取更准确的信息。