结论：公司能否查到员工的案底，主要取决于查询的法律依据、行业规定以及员工是否主动告知。在大多数情况下，由于法律对个人隐私的保护，公司无法直接查询员工的犯罪记录。但在特定行业和岗位，或员工主动披露的情况下，公司可能获取到相关案底信息。
一、一般情况下公司难以查询案底
法律限制与保护：
- 根据《中华人民共和国犯罪记录信息管理办法（试行）》等法律法规，犯罪记录属于个人隐私信息，受到严格的法律保护。
- 除司法机关为办案需要或有关单位依据国家规定外，其他单位或个人不得随意查询他人犯罪记录。因此，在常规情况下，公司没有权限直接查询员工的案底。
隐私保护原则：
- 犯罪记录作为个人隐私的一部分，受到《中华人民共和国民法典》等法律的保护。任何组织或个人，除非法律另有规定或权利人明确同意，否则不得处理他人的私密信息，包括犯罪记录。
二、特殊情况下公司可查询特定案底
特殊行业规定：
- 金融行业：依据《证券期货市场诚信监督管理办法》，金融机构如证券公司、期货公司在招聘关键岗位人员时，可向相关部门申请查询应聘者的违法犯罪记录，特别是与经济犯罪、金融诈骗相关的案底。
- 教育行业：根据《关于建立教职员工准入查询性侵违法犯罪信息制度的意见》，学校、幼儿园等教育机构在招聘教职工时，必须对拟聘用人员进行性侵违法犯罪信息查询，以确保校园安全。
- 安保行业：《保安服务管理条例》规定，保安服务公司或自行招用保安员的单位在招聘时，应核查应聘者是否有故意犯罪记录，以保障公共安全。
公司要求提供无犯罪记录证明：
- 在招聘过程中，公司可能会要求应聘者自行前往公安机关开具无犯罪记录证明。对于已经录用的员工，公司也可能通过内部规章制度要求提供此类证明。
三、员工主动告知情况
- 入职申报与诚信原则：
- 部分公司会在入职申请表或相关文件中明确要求员工填写是否有犯罪记录及具体情况。若员工如实填写，公司即可知晓案底相关信息。
- 员工故意隐瞒可能导致后续被解雇，因为这违反了诚信原则，公司可能以欺诈为由解除劳动合同。
四、背景调查的深度与广度
普通背景调查：
- 通常包括核实身份信息、学历信息、工作经历等，不涉及个人司法记录或案底。
深入背景调查：
- 对于敏感岗位（如金融、安全、法务等），公司可能会通过特定渠道或第三方机构进行更深入的背景调查。但即便如此，也需遵循相关法律法规，不能擅自查询个人司法记录。
五、法律建议与风险提示
对于公司：
- 在查询员工案底时，应严格遵守法律法规，尊重员工隐私权。在特定行业和岗位上，依据相关规定进行查询是合法的，但需确保查询程序的合法性和正当性。
- 避免以案底为由进行就业歧视，否则可能面临法律责任。
对于员工：
- 应秉持诚信原则，如实告知自身情况。在入职时，若公司要求填写是否有犯罪记录，应如实填写。
- 了解相关法律法规和行业要求，以便在求职过程中保护自己的合法权益。
总结：公司能否查到员工的案底并非一概而论，而是取决于多种因素。在大多数情况下，公司无法直接查询员工的犯罪记录。但在特定行业和岗位，或员工主动披露的情况下，公司可能获取到相关案底信息。因此，无论是公司还是员工，都应了解相关法律法规和行业要求，以便在求职和招聘过程中保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。