结论：公司是否会查案底，取决于多种因素，包括行业特性、岗位需求、法律法规要求以及员工的个人披露情况。在大多数情况下，公司无法直接获取员工的犯罪记录等隐私信息，但在特定行业或岗位，以及员工授权的情况下，公司可能通过合法途径了解到这些信息。
一、普通公司的查询权限与方式
难以直接查询：
- 普通公司通常没有直接查询个人犯罪记录的权限。犯罪记录属于个人隐私信息，受到法律的严格保护，司法机关等相关部门对犯罪记录有严格的管理和使用规定，不会随意向企业透露。
可能的间接了解方式：
- 员工主动告知：在招聘或入职时，公司可能会要求员工填写背景信息表格，其中包含是否有犯罪记录等问题。若员工如实填写，公司则会知晓。
- 第三方背景调查（需授权）：部分高要求企业可能在获得员工授权后，委托专业背景调查公司通过合法渠道查询犯罪记录。这需符合相关规定和程序，确保查询的合法性和正当性。
二、特定行业或特殊岗位的查询要求
对于某些特定行业或岗位，法律法规明确要求从业人员必须具备无犯罪记录等条件，企业在招聘时会进行严格的背景审查：
- 金融行业：如银行、证券、保险等领域的关键岗位，需具备良好的信誉和无违法犯罪记录，以确保金融安全。监管部门可能要求金融机构对拟录用人员进行包括犯罪记录查询在内的背景调查。
- 教育行业：学校、教育机构在招聘教职工，特别是与未成年人密切接触的岗位时，会进行背景审查以保障未成年人的安全。
- 交通运输行业：如出租车、网约车司机等职业，一些地方要求驾驶员无犯罪记录，运输管理部门在核发从业资格证件时会进行审查。
- 公职岗位：国家机关、事业单位招录公职人员时，会进行严格的政治审查，包括查询犯罪记录。涉及国家安全、商业机密保护等敏感岗位的企业也可能进行类似调查。
三、公司查询员工案底的合法途径与注意事项
合法途径：
- 要求应聘者提供无犯罪记录证明：在招聘过程中，公司可以要求应聘者向户籍所在地的派出所申请无犯罪记录证明，并由派出所出具相关证明。这是了解应聘者是否有犯罪记录的合法且常见的方式。
- 制定公司规章制度：对于已经录用的员工，公司可以通过制定公司规章制度，明确告知员工有提供无犯罪记录证明的义务。若员工拒绝提供，公司可以根据工作岗位的性质和要求，考虑是否进行调岗或解除劳动合同。但在此过程中，公司应确保规章制度的合法性，并尊重员工的隐私权。
注意事项：
- 尊重隐私权利：保护个人隐私是一项重要权利。无论公司是否知晓员工的案底，都应尊重并遵守相关法律法规和隐私政策，确保信息的合法使用和保密。
- 遵守法律法规：公司在查询员工犯罪记录时，必须严格遵守法律法规，确保查询目的的正当性和合法性。同时，公司应建立健全内部管理制度，对查询到的信息进行严格保密和管理。
四、员工的如实报告义务
根据《中华人民共和国刑法》第一百条的规定，依法受过刑事处罚的人在入伍、就业的时候，应当如实向有关单位报告自己曾受过刑事处罚，不得隐瞒。这意味着员工在入职时有责任主动告知公司其犯罪记录情况。如果员工提供虚假信息，一旦被发现，公司有权解除劳动合同，并且员工还可能面临法律风险。
总结与建议：公司在招聘过程中对于求职者案底的查询及使用需严格遵守法律法规和道德规范。在大多数情况下，公司无法直接获取求职者的犯罪记录等隐私信息；但在特定行业或特殊岗位，以及员工授权的情况下，公司可能通过合法途径了解到这些信息。作为求职者或员工，应如实报告自己的犯罪记录情况，遵守诚信原则；而作为公司，则应遵守平等就业原则，不得对求职者进行歧视或不合理限制，并始终尊重并保护员工的隐私权利。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。