哺乳期科长被调低职位是否合法，需根据具体情况判断，但通常来说，未经协商一致的单方面调岗行为是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律原则与保护规定
《女职工劳动保护特别规定》：
- 根据该规定第五条，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。这一条款明确保护了哺乳期女职工的劳动权益，包括职位稳定性和工资待遇。
《中华人民共和国劳动合同法》：
- 根据该法第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，包括工作岗位。变更劳动合同应当采用书面形式，并确保双方各执一份。这意味着，未经女职工同意，用人单位不得单方面调岗。
二、调岗合法的情形
在特定条件下，用人单位对哺乳期女职工进行调岗可能是合法的，但这些条件必须严格满足：
基于生产经营需要且不影响女职工权益：
- 如果用人单位因生产经营需要调整岗位设置，且新岗位与原岗位在薪酬、工作强度等方面相当，同时不损害女职工的合法权益（如不影响其哺乳和照顾婴儿），那么调岗行为可能被认定为合理。但这种情况需要用人单位提供充分的证据来证明其调岗的合理性和必要性。
经双方协商一致：
- 调岗前，用人单位必须与女职工进行充分沟通，并达成书面协议，明确新岗位的职责、薪酬待遇等核心条款。只有获得女职工的签字确认，调岗程序才符合法定要求。
存在客观情况发生重大变化：
- 如果因企业转产、技术革新或经营方式调整导致原岗位消失，且用人单位无法提供替代岗位，那么用人单位可以依法调整岗位，并支付相应的经济补偿金。但这种情况同样需要用人单位提供充分的证据来证明其调岗的合法性和合理性。
三、调岗不合法的情形
以下情形的调岗行为通常被认定为违法：
恶意降薪或增加劳动强度：
- 将女职工调至低薪岗位或高强度岗位，明显违背“同工同酬”原则，且可能损害女职工的身体健康和合法权益。
未履行协商程序的单方决定：
- 未经女职工同意，用人单位单方面决定调岗，或通过威胁、胁迫等手段迫使女职工接受不合理调整，这种行为严重违反了法律法规和劳动合同的约定。
针对性歧视行为：
- 仅针对哺乳期女职工实施岗位调整，而其他条件相似的员工未被调整，这种行为可能构成对女职工的歧视和侵犯。
变相解除劳动合同：
- 通过连续调岗、边缘化工作安排等方式逼迫女职工主动离职，这种行为实际上是对劳动合同的变相解除，严重损害了女职工的合法权益。
四、女职工的权益保护与维权途径
拒绝权：
- 面对无正当理由的调岗降薪，女职工有权拒绝，并应依法维护自身权益。
协商与投诉：
- 女职工可首先与用人单位进行协商解决；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
赔偿请求：
- 若因用人单位违法行为造成损失，女职工还有权要求用人单位予以赔偿。
总结来说，哺乳期科长被调低职位是否合法，取决于调岗是否基于合理合法的事由、是否经过双方协商一致以及是否保持了女职工的工资待遇不变。如果用人单位未经协商一致单方面调岗，或者调岗后降低了女职工的工资待遇，那么这种行为通常是不合法的。女职工在遇到此类情况时，应积极采取措施维护自身权益，通过合法途径寻求帮助和救济。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。