结论前置：公司故意克扣工资，员工有权依法申请赔偿金，并可通过多种法律途径来维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条：
- 用人单位若未按照劳动合同的约定或国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬，由劳动行政部门责令限期支付，逾期不支付的还需加付赔偿金。这一条款直接规定了用人单位克扣工资的法律责任，为员工申请赔偿金提供了明确的法律依据。
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款强调了工资支付的及时性和完整性，禁止用人单位无故克扣工资。
二、员工权益与主张流程
与单位协商：
- 员工在发现工资被克扣后，应首先尝试与单位进行沟通，要求单位说明克扣理由，并请求足额支付工资及赔偿金。这是解决纠纷的首选方式，有助于快速解决问题，减少不必要的法律程序。
向劳动行政部门投诉：
- 若协商无果，员工可向当地劳动行政部门投诉。劳动行政部门将介入调查，并可能责令单位限期支付克扣的工资及赔偿金。这一步骤是员工维护自身权益的重要途径，能够借助行政力量推动问题的解决。
申请劳动仲裁：
- 如单位在劳动行政部门责令的期限内仍未支付，员工可向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，明确要求单位支付克扣的工资及相应的赔偿金。劳动仲裁是解决劳动争议的重要机制，其裁决具有法律效力，能够为员工提供有力的法律保障。
提起诉讼：
- 若对仲裁结果不满，员工可在规定期限内向人民法院提起诉讼，通过司法程序进一步维护自身权益。诉讼是解决纠纷的最终途径，能够为员工提供最全面的法律保护。
三、证据收集与准备
- 在整个维权过程中，员工应特别注意收集和保存能够证明劳动关系、工资数额、单位克扣工资等事实的相关证据。这些证据包括但不限于：劳动合同、工资条、银行工资流水记录、考勤记录、工作沟通记录等。证据的充分性和有效性对于维权成功至关重要，它们能够为员工的主张提供有力的支持。
四、可能面临的法律后果
- 如果公司故意克扣工资，且经劳动行政部门责令限期支付后仍不支付，那么公司将面临加付赔偿金的法律责任。赔偿金的数额根据应付金额的百分之五十以上百分之一百以下的标准确定，具体数额取决于公司的违法情节和员工的实际损失。
总结：公司故意克扣工资是违反法律法规的行为，员工有权依法申请赔偿金并通过多种法律途径来维护自己的合法权益。在维权过程中，员工应注重证据的收集与准备，并遵循正确的法律程序。如果你在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。