克扣工资能申请经济补偿金。

根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位未按照劳动合同约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，属于克扣工资行为，劳动者可以申请经济补偿金。具体分析如下：

1. 申请经济补偿金的法律依据：

   • 《劳动合同法》规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同，并且用人单位应当向劳动者支付经济补偿。
   • 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

2. 申请经济补偿金的流程：

   • 劳动者首先可以与用人单位协商解决，要求其支付克扣的工资及经济补偿金。
   • 若协商不成，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   • 在劳动仲裁或诉讼中，劳动者需提供相关证据，如工资条、银行工资流水明细、考勤记录等，以证明用人单位存在克扣工资的事实。

3. 经济补偿金的计算：

   • 经济补偿金的具体金额需结合实际工作年限和工资情况确定。
   • 月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
   • 若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍，支付经济补偿标准按职工月平均工资三倍数额支付，且支付年限最高不超过十二年。

综上所述，克扣工资的情况下，劳动者有权申请经济补偿金。在申请过程中，劳动者应保留好相关证据，并依法通过协商、投诉或仲裁等途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。