结论：劳动者在因用人单位克扣工资而辞职的情况下，即使已经签署了辞职申请，仍然有可能要求用人单位支付经济补偿金。具体能否获得经济补偿金，取决于辞职的具体原因及用人单位是否存在违法或违约行为。

详细分析：

1. 用人单位克扣工资属于违法行为：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条的规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同，并有权要求用人单位支付经济补偿金。克扣工资显然属于未及时足额支付劳动报酬的情形。

2. 劳动者辞职的原因：

   • 如果劳动者是因为用人单位克扣工资而被迫辞职，那么这种辞职并非出于劳动者自愿，而是由于用人单位的违法行为导致的。在这种情况下，劳动者有权要求用人单位支付经济补偿金。
   • 如果劳动者虽然签署了辞职申请，但辞职申请中并未明确表明是因个人原因自愿辞职，或者能够证明辞职是由于用人单位克扣工资等违法行为导致的，那么劳动者仍然可以主张经济补偿金。

3. 经济补偿金的计算：

   • 经济补偿金的计算通常依据劳动者在用人单位的工作年限和月工资标准来确定。具体计算公式为：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资。其中，月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
   • 如果劳动者的工作年限超过六个月但不满一年，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

4. 实际操作建议：

   • 保留证据：劳动者应保留好与用人单位之间的劳动合同、工资单、社保记录等相关证据，以证明用人单位存在克扣工资等违法行为。
   • 协商与调解：在辞职前或辞职后，劳动者可以尝试与用人单位进行协商，要求用人单位支付克扣的工资及经济补偿金。如果协商不成，可以向劳动争议调解委员会申请调解。
   • 仲裁与诉讼：如果调解不成，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

总结与建议：

劳动者在因用人单位克扣工资而辞职的情况下，即使已经签署了辞职申请，仍然有可能要求用人单位支付经济补偿金。关键在于劳动者能否证明辞职是由于用人单位的违法行为导致的。因此，我建议劳动者在辞职前或辞职后，务必保留好相关证据，并尝试与用人单位进行协商或调解。如果协商或调解不成，可以通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。