当公司克扣工资时，您可以按照以下步骤来申请赔偿：

一、与公司协商

作为第一步，您应该尝试与公司进行协商。在协商过程中，明确指出公司克扣工资的行为是违法的，并向公司提出补发工资以及依法赔偿的要求。为了保障您的权益，在协商时务必注意留存相关的聊天记录、通话录音等证据，这些在后续的维权过程中可能会起到关键作用。

二、准备证据材料

在协商未果或准备进一步采取行动之前，您需要准备好一系列证明劳动关系和工资情况的材料。这些材料包括但不限于：劳动合同、工资条、考勤记录等。这些证据将有助于证明您的劳动关系、工资水平以及公司克扣工资的事实。

三、向劳动监察部门投诉

如果与公司协商没有达成满意的结果，您可以向当地的劳动监察部门投诉。在投诉时，提交之前准备好的证据材料。劳动监察部门会根据相关法律法规对您的投诉进行调查，并作出相应的处理。

四、申请劳动仲裁

如果劳动监察部门的处理结果仍然无法让您满意，或者公司未按照要求补发工资和赔偿，您可以在知道或应当知道自身权利被侵害之日起一年内，向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书及相关证据。在仲裁过程中，您需要详细陈述公司克扣工资的事实，并提供充分的证据来支持您的主张。

五、执行仲裁裁决或提起诉讼

如果仲裁裁决公司支付工资及赔偿，但公司拒不履行，您可以向法院申请强制执行。另外，如果您对仲裁结果不服，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向法院提起诉讼，通过法律途径来维护自身的合法权益。

法律依据：

• 《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
• 《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条、第四十六条和第四十七条也分别规定了用人单位未及时足额支付劳动报酬时，劳动者可以解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿的具体标准。

综上所述，面对公司克扣工资的情况，您应该积极采取行动来维护自己的权益。通过与公司协商、准备证据、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁以及执行仲裁裁决或提起诉讼等步骤，您可以有效地申请到应有的赔偿。