恶意克扣工资，劳动者可以提出辞职并申请赔偿。以下是对此问题的详细分析：
一. 劳动者可以提出辞职
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同。恶意克扣工资显然属于未及时足额支付劳动报酬的情形，因此劳动者有权提出辞职。
- 实例说明：假设某公司长期恶意克扣员工工资，员工在多次沟通无果后，可以依据上述法律规定提出辞职，并无需承担因辞职而产生的任何不利后果。
二. 劳动者可以申请赔偿
- 赔偿依据：虽然《劳动合同法》中并未直接规定因恶意克扣工资导致的辞职可以申请赔偿，但劳动者可以因用人单位的违法行为提出解除劳动合同，并依据其他相关法律规定或劳动合同约定寻求赔偿。若劳动合同中有相关约定，或用人单位的规章制度、集体合同等有明确规定，劳动者可以据此要求赔偿。
- 赔偿途径：劳动者可以通过与用人单位协商、向劳动行政部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来寻求赔偿。在申请赔偿时，劳动者需要提供充分的证据来证明用人单位存在恶意克扣工资的行为。
- 实例说明：若某员工因公司恶意克扣工资而辞职，且劳动合同中明确约定了因用人单位违约导致劳动者辞职的赔偿责任，那么该员工可以依据劳动合同约定向公司申请赔偿。
我建议，在提出辞职并申请赔偿前，劳动者应首先尝试与用人单位进行沟通协商，要求用人单位纠正其违法行为并支付拖欠的工资。若协商无果，劳动者可以整理相关证据材料，如工资单、劳动合同等，向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。