关于农村自建房施工人违背哪些条约可扣工资的问题，首先需明确的是，农村自建房施工中的工资扣减通常与施工合同或协议中的约定紧密相关，且必须符合法律法规的规定，不能随意扣减。以下从多个角度进行分析：
一、合同或协议中的明确约定
施工质量不达标：
- 若施工合同或协议中明确规定了施工质量标准，且施工人未能达到这些标准，如墙体倾斜、屋顶漏水等，房主有权依据合同约定扣减相应工资作为违约金或赔偿金。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
施工进度延误：
- 若施工合同或协议中规定了具体的施工期限，且施工人未能按时完成施工任务，房主有权根据合同约定扣减工资作为延误赔偿。
- 法律依据：同样依据《民法典》，施工人因自身原因导致施工进度延误，应承担相应的违约责任。
违反安全规定：
- 若施工人在施工过程中违反安全规定，导致安全事故或存在安全隐患，房主有权依据合同约定或相关法律法规扣减工资，并要求施工人承担相应责任。
- 法律依据：根据《安全生产法》等相关法律法规，施工人应严格遵守安全生产规定，确保施工安全。
二、法律法规的强制性规定
最低工资标准：
- 即使施工合同或协议中有扣减工资的约定，也不得违反当地最低工资标准的规定。若扣减后的工资低于最低工资标准，该约定无效。
- 法律依据：根据《劳动法》和《最低工资规定》，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
工资支付保障：
- 房主不得无故拖欠或克扣施工人的工资。若因施工人违约或违法行为导致房主损失，房主应通过合法途径主张赔偿，而非直接扣减工资。
- 法律依据：根据《劳动法》和《工资支付暂行规定》，用人单位应按时足额支付劳动者工资，不得克扣或无故拖欠。
三、实际操作中的建议
明确合同条款：
- 在签订施工合同或协议时，应明确约定施工质量、进度、安全等方面的标准和要求，以及相应的违约责任和赔偿方式。
保留证据：
- 在施工过程中，房主应保留好相关证据，如施工记录、照片、视频等，以便在发生纠纷时证明施工人的违约行为。
合法维权：
- 若施工人存在违约行为，房主应通过合法途径主张权利，如协商、调解、仲裁或诉讼等，而非直接扣减工资。
总结来说，农村自建房施工人违背合同或协议中的约定，如施工质量不达标、施工进度延误、违反安全规定等，房主有权依据合同约定扣减相应工资。但扣减工资必须符合法律法规的规定，不得违反最低工资标准或工资支付保障等强制性规定。若遇到纠纷，建议房主通过合法途径主张权利。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。