在正在申请劳动仲裁期间，不建议与公司签订工资已结清证明。以下从多个角度为你详细分析：

法律后果角度

1. 可能影响仲裁结果：劳动仲裁的目的是解决你与公司之间的劳动争议，包括但不限于工资支付、加班费、经济补偿等。如果你在仲裁期间签订了工资已结清证明，这可能会被公司作为证据，用来证明你们之间已经就工资问题达成了一致，且公司已经履行了支付义务。这将对你在仲裁中主张工资相关权益产生极大的不利影响，甚至可能导致你的仲裁请求被驳回。
2. 存在欺诈风险：如果你实际上并未收到公司应支付的全部工资，但为了尽快解决纠纷或出于其他考虑而签订了工资已结清证明，这可能构成欺诈行为。一旦公司发现并证明你存在欺诈行为，你不仅可能面临仲裁失败的结果，还可能承担相应的法律责任。

实际操作角度

1. 保留证据的重要性：在劳动仲裁过程中，证据的收集和保存至关重要。如果你签订了工资已结清证明，就意味着你放弃了进一步收集和保存与公司工资支付相关证据的机会。这可能会使你在后续的仲裁或诉讼中处于被动地位。
2. 协商与仲裁的区分：虽然协商是解决劳动争议的一种方式，但在仲裁期间签订工资已结清证明并不等同于通过协商达成了一致。协商通常是在双方自愿、平等的基础上进行的，而仲裁则是由第三方机构根据事实和法律进行裁决的。因此，在仲裁期间签订此类证明可能会混淆协商与仲裁的界限，给你带来不必要的麻烦。

建议做法

1. 谨慎对待签订证明：在正在申请劳动仲裁期间，对于公司提出的任何涉及工资支付、结清等内容的证明或协议，你都应该谨慎对待。在签订之前，最好咨询专业律师的意见，以确保你的权益不受损害。
2. 继续收集证据：在仲裁期间，你应该继续收集和保存与公司工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录、考勤记录等。这些证据将有助于你在仲裁中证明自己的主张。
3. 积极配合仲裁程序：你应该积极配合仲裁机构的调查和调解工作，如实陈述事实、提供证据。同时，你也可以根据仲裁机构的裁决结果来维护自己的合法权益。

如果你在劳动仲裁期间遇到了任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议和支持。