结论：单位在纪检调取个人档案时，一般有权询问原因，但具体权限和程序需依据相关法律法规及单位内部规定来确定。以下从多个角度进行详细分析：
一、单位询问原因的法律依据与合理性
法律依据：
- 纪检部门在调查违纪违法行为时，有权依法调取相关人员的档案资料，这是其履行职责的一部分。单位作为档案的管理者或持有者，在纪检部门提出调取要求时，通常需要配合并提供必要的协助。
- 在此过程中，单位询问纪检部门调取档案的原因，是出于对档案管理的负责态度，也是为了确保档案的合法、合规使用。这种询问并不违反法律法规，反而有助于维护档案管理的秩序和安全。
合理性：
- 单位询问原因有助于了解纪检部门的调查目的，从而更好地配合调查工作。同时，这也是单位对员工权益的一种保护，防止档案被滥用或泄露。
二、单位询问原因的具体程序与限制
程序要求：
- 纪检部门在调取档案时，通常应出示相关的调查文件或证明，说明调取档案的原因和目的。单位在接到调取要求后，有权要求纪检部门提供这些文件或证明，并进行核实。
- 单位在询问原因时，应保持客观、公正的态度，不得无故拒绝或拖延提供档案。同时，单位也应保护纪检部门的调查工作，不得泄露调查内容或干扰调查进程。
限制条件：
- 单位询问原因并不意味着可以随意干涉纪检部门的调查工作。纪检部门在调查过程中享有独立的调查权，单位应尊重并配合其工作。
- 如果纪检部门拒绝提供调取档案的原因或目的，或者单位认为调取行为存在违法违规情况，单位可以通过合法途径进行申诉或举报，但不得擅自阻止或拒绝提供档案。
三、单位与员工在档案调取中的权益保护
单位权益保护：
- 单位在档案调取过程中，应确保档案的完整性和安全性，防止档案被损坏或丢失。同时，单位也有权要求纪检部门在调取档案后及时归还，并确保档案内容不被泄露或滥用。
员工权益保护：
- 员工在档案调取过程中，享有知情权和隐私权。如果员工认为纪检部门的调取行为侵犯了其合法权益，可以通过合法途径进行申诉或维权。
- 单位在配合纪检部门调取档案时，也应保护员工的隐私权，不得将档案内容泄露给无关人员或用于其他非法目的。
建议：在实际操作中，如果单位对纪检调取个人档案的原因存在疑问或担忧，建议首先与纪检部门进行沟通，了解其调查目的和依据。如果认为调取行为存在违法违规情况，可以通过合法途径进行申诉或举报。同时，单位也应加强档案管理，确保档案的合法、合规使用。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。