保险公司未到庭质证原告提交的鉴定意见书，之后又申请重新鉴定，法院一般会结合具体情况决定是否准许重新鉴定申请，通常有以下几种认定和处理方式：

1. 若保险公司无正当理由未到庭质证
   • 从程序权利放弃角度：保险公司经法院合法传唤，无正当理由拒不到庭质证，可视为其放弃对鉴定意见书进行质证的权利。在这种情况下，法院通常会认定原告提交的鉴定意见书在程序上已经过质证环节（保险公司放弃质证），该鉴定意见书可以作为认定案件事实的依据之一。
   • 对重新鉴定申请的审查：当保险公司后续申请重新鉴定时，法院会对其申请理由进行严格审查。如果保险公司不能提出充分、合理的理由，如鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格、鉴定程序严重违法、鉴定结论明显依据不足等法定情形，法院一般不会准许重新鉴定申请。因为保险公司已经因自身原因放弃了质证权利，在没有正当理由的情况下，不应随意获得重新鉴定的机会，否则会浪费司法资源，也可能损害原告的合法权益。
2. 若保险公司有正当理由未到庭质证
   • 程序上的处理：如果保险公司能够证明其未到庭质证存在正当理由，例如因不可抗力（如突发重大自然灾害、意外事故等导致无法按时到庭）或者有其他紧急且合理的事由（如突发严重疾病需要紧急救治等），法院会根据具体情况决定是否给予保险公司再次质证的机会或者采取其他补救措施，以确保保险公司的程序权利得到保障。
   • 对重新鉴定申请的考量：在这种情况下，保险公司申请重新鉴定，法院会综合考虑多方面因素。如果保险公司提出的重新鉴定理由符合法律规定的情形，如鉴定意见书存在明显瑕疵、鉴定方法不科学等，法院可能会准许重新鉴定申请。但同时，法院也会考虑原告的权益以及重新鉴定对案件审理进度的影响等因素，权衡利弊后作出决定。

在司法实践中，法院的认定和处理会以保障当事人合法权利、确保案件公正审理为出发点和落脚点。如果你遇到此类情况或者有相关法律问题，可以直接向我咨询。