结论：在商铺已被原租户转租的情况下，您能否与新租户重新签订租赁合同，需视原租赁合同约定及法律规定的转租条件是否满足而定，以下分情况说明：

1. 若原租赁合同明确允许转租，且转租行为已获您书面同意
   根据《民法典》第七百一十六条，承租人经出租人同意，可以将租赁物转租给第三人。此时转租合同有效，您与原租户的租赁关系仍存续，但新租户基于转租合同取得商铺的占有使用权。

   • 操作建议：您可直接与新租户协商重新签订租赁合同，但需注意：
     
     • 原租赁合同未到期的，新合同期限不得超过原合同剩余期限；
       
     • 若原合同对租金、维修责任等条款有特殊约定，需与新租户明确是否沿用或修改；
       
     • 建议要求新租户提供原租户的转租同意书作为合同附件，避免纠纷。

2. 若原租赁合同禁止转租，或转租未获您同意
   根据《民法典》第七百一十六条第二款，承租人未经出租人同意转租的，出租人可解除与原租户的租赁合同。此时转租合同对您不产生法律效力，您有权要求新租户返还商铺。

   • 操作建议：
     
     • 若您希望继续出租商铺，可先与原租户解除合同，再与新租户签订新合同；
       
     • 若您不同意转租，可直接要求新租户搬离，并追究原租户的违约责任（如扣除押金、赔偿损失等）；
       
     • 若新租户已实际占有商铺且拒绝搬离，您可通过诉讼主张权利，要求排除妨碍或赔偿损失。

3. 若原租赁合同未明确约定转租条款，且您未明确表示反对
   根据《民法典》第七百一十八条，出租人知道或应当知道承租人转租，但在六个月内未提出异议的，视为同意转租。此时转租合同有效，您与新租户的关系参照上述第一种情况处理。

   • 操作建议：若您希望重新签订合同，需先确认是否已超过六个月异议期，并评估原租户与新租户的转租合同条款是否对您有利，再决定是否重新协商。

风险提示：重新签订合同前，务必核实新租户的身份信息、经营资质及履约能力，避免因新租户违约导致您损失。如有疑问，可直接向我咨询具体操作流程及合同条款设计。