在我国，单位以不配合工作为由辞退员工，并不一定违法，但必须满足一系列严格的条件与程序。以下是对这一问题的详细分析：
合法有效的规章制度：
- 用人单位必须拥有合法有效的规章制度，这些制度应明确界定员工的工作职责、行为规范以及相应的奖惩措施。若规章制度本身不合法，如制定程序不符合法律规定或内容违反法律、法规的强制性规定，那么即使员工存在不配合工作的情况，用人单位据此辞退员工也是不合法的。
严重违反规章制度：
- 员工的不配合工作行为必须达到严重违反用人单位规章制度的程度。例如，拒不服从上级合理的工作安排达多次，且这种行为对用人单位的正常运营造成了显著影响。同时，用人单位需有确凿的证据证明员工存在上述行为，如工作记录、同事证言等。
法定辞退程序：
- 用人单位在辞退员工前，应遵循法定的程序。这通常包括警告、罚款等步骤，以确保员工的权益得到保障。若用人单位设有工会，还需事先将辞退理由通知工会，并听取工会的意见。辞退员工时，需提前通知员工，与员工进行协商，并按照法律规定支付相应的经济补偿金（如适用）。若未遵循这些程序，辞退行为可能被视为违法。
不合法辞退的情形：
- 若用人单位的规章制度不合法，或员工的不配合工作行为未达到严重违反规章制度的程度，或用人单位缺乏充分的证据证明员工存在不配合工作的情况，以及未遵循法定辞退程序，那么用人单位的辞退行为可能被视为违法。
法律后果：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条，若用人单位的辞退行为被认定为不合法，员工有权要求用人单位支付赔偿金，赔偿金的标准为经济补偿标准的二倍。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
建议：
- 对于员工而言，若认为用人单位的辞退行为不合法，应收集相关证据，如工作记录、同事证言、规章制度等，以证明自己的权益受到侵害。然后，可以通过劳动争议仲裁委员会或法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
- 对于用人单位而言，在辞退员工前，应确保有合法有效的规章制度作为依据，员工的行为确实严重违反了这些规章制度，并遵循法定的辞退程序。以避免不必要的法律纠纷和赔偿责任。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。