核心结论：自动离职后档案被单位销毁，您有权要求单位承担相应责任并采取补救措施，具体可从以下角度分析和处理：

1. 单位无权擅自销毁档案，其行为可能违法
   根据《企业职工档案管理工作规定》第十八条，企业职工调动、辞职、解除劳动合同或被开除、辞退等，应由职工所在单位在1个月内将其档案转交其新的工作单位或其户口所在地的街道劳动（组织人事）部门。职工被劳教、劳改，原所在单位今后还准备录用的，其档案由原所在单位保管。单位擅自销毁档案的行为违反了档案管理法规，您可据此主张权利。

2. 您可要求单位承担档案重建及损失赔偿责任

   • 档案重建：若档案被销毁，您可要求单位协助补办档案材料（如工作经历证明、社保记录等），或出具书面证明说明档案销毁情况及您的劳动关系存续期间。
     
   • 损失赔偿：若档案销毁导致您无法办理社保转移、职称评定、退休手续等实际损失，您可要求单位赔偿相应经济损失（需举证损失与档案销毁的因果关系）。

3. 维权途径

   • 协商：优先与单位沟通，要求其出具书面说明并协商补救方案。
     
   • 投诉：向当地劳动监察部门（如劳动保障监察大队）投诉，要求查处单位违法行为。
     
   • 仲裁/诉讼：若协商、投诉无果，可申请劳动仲裁或向法院起诉，主张档案重建及赔偿请求。

4. 注意事项

   • 证据固定：保留与单位的劳动关系证明（如劳动合同、工资记录、离职证明等），以及档案被销毁的证据（如单位口头或书面承认、其他员工证言等）。
     
   • 时效性：劳动争议申请仲裁的时效期间为1年，自您知道或应当知道权利被侵害之日起计算，建议尽快行动。

建议：若您已离职且档案被销毁，请尽快收集相关证据，与单位协商或通过法律途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。