员工在交通事故后被认定为工伤，公司后续需要承担的费用主要包括以下几个方面：
治疗工伤期间的工资福利：
- 根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，在员工治疗工伤期间，公司需要按照员工原来的工资和福利待遇标准，按月支付其工资，确保员工的基本生活不受影响。
五级、六级伤残职工的伤残津贴：
- 如果员工因工伤导致五级或六级伤残，根据《工伤保险条例》第三十六条，公司需要按月支付伤残津贴。五级伤残的津贴标准为员工本人工资的70%，六级伤残的津贴标准为员工本人工资的60%。这些津贴旨在保障伤残职工的基本生活，并鼓励其继续参与社会生活和工作。
一次性伤残就业补助金：
- 当员工因工伤导致伤残，并与公司解除或终止劳动关系时，根据《工伤保险条例》第三十七条，公司需要支付一次性伤残就业补助金。具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，旨在帮助伤残职工在重新就业或自主创业时提供一定的经济支持。
其他可能的费用：
- 除了上述费用外，公司还可能需要根据具体情况承担其他与工伤相关的费用，如工伤职工的护理费（如果工伤职工生活不能自理）、辅助器具费（如假肢、矫形器等）等。这些费用通常根据工伤职工的实际需要和公司的实际情况进行确定。
在具体操作中，公司需要注意以下几点：
- 及时申报工伤：员工发生工伤事故后，公司应及时向社会保险行政部门申报工伤，以便员工能够及时享受工伤保险待遇。
- 保留相关证据：公司应妥善保管与工伤事故相关的证据，如医疗记录、事故报告等，以便在需要时提供证明。
- 遵守法律法规：公司在处理工伤事故时，应严格遵守相关法律法规和政策规定，确保员工的合法权益得到保障。
如果公司未依法承担上述费用，员工可以通过法律途径维护自己的权益。例如，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付相应的费用；如果仲裁结果不满意，还可以向人民法院提起诉讼。
最后，建议公司在处理工伤事故时，积极与员工沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。这样不仅可以减少法律纠纷和成本支出，还可以维护公司的良好形象和员工关系。如果您在处理工伤事故过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。