针对您提出的“学校不让自主就业不给毕业证是否违法”的问题，这是一个涉及学生权益和学校管理规定的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，毕业证是学生学习成果的官方认证，其发放应当基于学生是否完成了学校规定的学习任务并达到了毕业要求，而非是否签订了就业协议或选择了特定的就业方式。学校作为教育机构，其核心职责是提供教育服务，而非强制学生就业或干涉学生的就业选择。

从法律层面来看，学校以不签订就业协议为由扣发毕业证的做法，很可能违反了相关法律法规。例如，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，也不得以任何名义向劳动者收取财物或要求提供担保。虽然这一条款直接针对的是用人单位，但学校作为教育机构，在管理学生毕业事宜时，也应遵循类似的原则，即不得将毕业证作为要挟学生签订就业协议的工具。

此外，学校暂扣毕业证的行为还可能侵犯了学生的合法权益。毕业证是学生顺利进入职场、继续深造或享受其他社会福利的重要凭证。学校若因非学术原因扣发毕业证，将直接影响学生的未来发展，这种做法显然是不合理的。

那么，当学生遇到学校因不签订就业协议而扣发毕业证的情况时，应该如何维护自己的权益呢？

1. 与学校沟通：首先，学生可以尝试与学校相关部门或负责人进行沟通，明确表达自己的诉求和理由，争取通过协商解决问题。

2. 寻求法律援助：如果沟通无果，学生可以咨询法律专业人士或相关机构，了解自己的权益和可行的维权途径。

3. 向教育主管部门投诉：学生还可以向当地的教育主管部门或相关监管机构投诉学校的违规行为，要求其介入调查并处理。

4. 提起诉讼：在极端情况下，如果学生的权益受到严重侵害且无法通过其他途径解决，可以考虑通过法律途径提起诉讼，维护自己的合法权益。

综上所述，学校以不签订就业协议为由扣发毕业证的做法是不合法的，学生有权维护自己的合法权益。希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。