结论：学校保安在夜班八小时以外巡逻时坐下歇会，通常不会因此扣除加班费，但具体是否扣除还需依据劳动合同、学校规章制度以及实际工作情况来判断。
分析说明：
加班费的计算基础：
- 加班费是根据劳动者实际加班的时间来计算的，通常与劳动者是否休息、休息时间长短无直接关系，只要劳动者在加班时间内提供了劳动（包括巡逻等），就应当获得相应的加班费。
- 在您描述的情况下，保安在夜班八小时以外进行巡逻，即使中间坐下歇会，只要其整体上是在履行巡逻职责，且没有违反学校的相关规定或劳动合同中的约定，那么其加班时间应当被认可，并据此计算加班费。
劳动合同与规章制度：
- 劳动合同和学校的规章制度是判断加班费是否扣除的重要依据。如果劳动合同或学校规章制度中明确规定了加班期间不得休息或休息将扣除加班费等条款，那么保安在加班时坐下歇会可能会面临加班费被扣除的风险。
- 但需要注意的是，这样的条款必须合法合理，且不得违反劳动法的相关规定。如果条款过于苛刻或不合理，劳动者有权提出异议并寻求法律援助。
实际工作情况：
- 实际工作情况也是判断加班费是否扣除的重要因素。如果保安在巡逻过程中因为疲劳或其他原因需要短暂休息，且这种休息是合理的、必要的，并且没有影响到巡逻工作的正常进行，那么学校通常不会因此扣除其加班费。
- 然而，如果保安在巡逻过程中长时间休息或从事与工作无关的活动，导致巡逻工作受到影响或延误，那么学校可能会根据实际情况对其加班费进行相应调整或扣除。
建议与行动：
- 查看劳动合同和规章制度：建议保安首先查看自己的劳动合同和学校的规章制度，了解其中关于加班、休息以及加班费计算的相关规定。
- 与学校沟通：如果保安对加班费扣除有疑问或不满，可以与学校的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解具体情况并寻求解决方案。
- 寻求法律援助：如果保安认为学校的做法违反了劳动法的相关规定或劳动合同中的约定，可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁。
相关法规参考：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位安排劳动者加班的，应当按照国家有关规定支付加班费。加班费的具体计算方式通常根据加班时间的长短和劳动者的工资水平来确定。
- 同时，劳动法也保护劳动者的休息权益，要求用人单位合理安排劳动者的工作和休息时间，避免过度加班对劳动者身体健康的影响。