如果遇到工程审计单位不公平的情况，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
了解审计依据与程序：
- 首先，你需要明确工程审计的依据是什么，包括合同条款、相关法律法规以及行业标准等。审计单位应当依据这些依据进行公正、客观的审计。
- 了解审计程序是否合法合规，比如审计前是否通知了相关方，审计过程中是否给予了充分的陈述和申辩机会，审计报告是否经过审核等。如果审计程序存在瑕疵，可能影响审计结果的公正性。
收集证据：
- 在发现审计不公平后，及时收集相关证据，包括审计报告、审计过程中的往来文件、会议记录、现场照片或视频等。这些证据将有助于你后续维权。
- 如果可能的话，还可以邀请第三方机构或专家对审计结果进行复核，以获取更客观、专业的意见。
与审计单位沟通：
- 在掌握一定证据后，可以尝试与审计单位进行沟通，表达你对审计结果的异议，并要求其重新审查或提供合理的解释。
- 沟通时保持冷静、理性，避免情绪化表达，以便更好地解决问题。
寻求行政救济：
- 如果与审计单位沟通无果，你可以向审计单位的上级主管部门或相关监管机构投诉，请求其介入调查并纠正不公平的审计行为。
- 在投诉时，需要提交详细的投诉材料，包括审计报告、证据材料以及你的异议和诉求等。
考虑法律途径：
- 如果行政救济无法解决问题，你可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。比如，你可以向法院提起诉讼，要求撤销不公平的审计报告或要求审计单位承担相应的法律责任。
- 在提起诉讼前，建议你咨询专业律师，评估案件的胜诉可能性以及可能面临的法律风险。
关注后续影响：
- 无论采取哪种维权方式，都需要关注后续可能产生的影响。比如，审计结果可能影响工程款的支付、工程质量的认定等。因此，在维权过程中，你需要与相关方保持沟通，确保自己的权益不受进一步损害。
在处理此类问题时，有几点需要特别注意：
- 时效性：不同维权方式可能有不同的时效限制，比如投诉、诉讼等。因此，在发现审计不公平后，你需要尽快采取行动，以免错过维权时机。
- 专业性：工程审计涉及的专业知识较多，如果你对审计报告中的某些内容存在疑问，建议咨询相关领域的专家或律师，以便更准确地判断审计是否公平。
- 合法性：在维权过程中，你需要确保自己的行为合法合规，避免采取过激或违法的手段来维护自己的权益。
最后，我想强调的是，面对工程审计单位的不公平行为，你有权维护自己的合法权益。如果你遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。