针对施工单位对第三方审计结果不服的情况，可以采取以下步骤来合理、有效地解决问题：
一、初步沟通与复核
仔细审查审计报告：
- 施工单位应首先详细阅读审计报告，理解审计结论，并核对审计所依据的资料和数据，确保对审计结果有全面、准确的了解。
与审计单位沟通：
- 如果发现审计结果与实际情况存在不符，施工单位可以主动与审计单位进行沟通，提出疑问和异议，请求审计单位进行复核或解释。
内部复核：
- 施工单位内部也可以组织专业人员进行复核，确认审计结论是否存在问题，并准备充分的证据材料来支持自己的观点。
二、正式提出异议
书面提出异议：
- 如果通过初步沟通和复核后，施工单位仍然认为审计结果不合理，可以正式向审计单位提交书面异议，详细列明异议事项、理由和依据，并附上相关证据材料。
请求重新审计：
- 在书面异议中，施工单位可以请求审计单位重新进行审计，或者请求上级审计机关或行业主管部门进行复审。
三、法律途径解决争议
民事诉讼或仲裁：
- 如果审计单位未对异议作出合理回应，或者施工单位对重新审计的结果仍然不服，施工单位可以依据合同中的争议解决条款，通过民事诉讼或仲裁的方式解决争议。
- 在提起诉讼或仲裁时，施工单位需要准备充分的证据来证明审计结果与实际情况不符，以及因此造成的损失和影响。
援引合同法中的公平原则：
- 在诉讼或仲裁过程中，施工单位可以主张，虽然合同中约定以审计结果为准，但如果有证据表明审计结果与实际情况不符，那么根据合同法中的公平原则，请求法院或仲裁机构对审计结果进行调整或修正。
四、注意事项
保留证据：
- 在整个过程中，施工单位应妥善保留所有与审计相关的证据材料，包括审计报告、异议书、沟通记录等，以备后续使用。
遵守程序：
- 施工单位在提出异议和寻求法律途径解决争议时，应严格遵守相关法律法规和程序规定，确保自身行为的合法性和有效性。
综上所述，施工单位对第三方审计结果不服时，应通过初步沟通与复核、正式提出异议以及法律途径解决争议等步骤来合理、有效地维护自身权益。在整个过程中，施工单位应保持冷静、理性，并注重证据的收集和保留。