面对施工方不配合政府审计的情况，建设单位或审计机构可以采取以下措施来应对：

首先，明确结论：建设单位或审计机构应通过沟通协商、合同约束、行政监管及法律途径等多种方式，确保审计工作的顺利进行。

一、沟通协商层面

1. 组织正式会议：召集施工单位的相关负责人和项目技术人员，明确审计的重要性和必要性，了解不配合的具体原因，并针对性地进行解释和说明，以消除其顾虑。
2. 发送书面函件：若会议沟通无果，应向施工单位发送正式的书面函件，详细列明审计要求、时间、地点及需提供的资料清单，并明确告知不配合审计可能带来的不利后果。

二、合同约束层面

1. 依据合同条款处理：审查施工合同中关于审计配合的条款，若合同明确约定了施工单位有配合审计的义务及违反该义务的违约责任，建设单位可要求施工单位承担相应责任。
2. 暂停付款：如施工合同中有关于审计完成后付款的约定，且施工单位拒不配合审计，建设单位可根据合同规定暂停支付相关款项，并及时告知施工单位暂停的原因、依据及后续安排。

三、行政监管和法律途径层面

1. 寻求行政监管部门协助：若施工单位不配合审计的行为严重，可向当地建设行政主管部门或相关监管部门反映情况，要求其履行配合审计的义务。
2. 提起诉讼或仲裁：在沟通协商、合同约束及行政监管等手段均无效的情况下，建设单位可根据合同中的仲裁条款或法律规定，向约定的仲裁机构申请仲裁或向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求施工单位履行配合审计的义务，并赔偿损失。

综上所述，建设单位或审计机构应根据具体情况采取不同的应对措施，确保审计工作的顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。