入职承诺书中关于擅自离职扣发全部未付工资及福利的条款，在大多数情况下是不合法的。以下从几个方面进行详细分析：
一、工资支付的法律原则
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有法律明确规定的情形，否则用人单位不得随意扣发劳动者的工资。
二、擅自离职与工资扣发的关系
擅自离职的定义：擅自离职通常指的是劳动者未按照劳动合同的约定或者用人单位的规章制度，未经用人单位同意而擅自离开工作岗位的行为。
工资扣发的合法性：虽然劳动者擅自离职可能违反了劳动合同的约定或用人单位的规章制度，但用人单位并不能因此扣发其全部未付工资及福利。用人单位可以依据劳动合同的约定或规章制度，要求劳动者承担因擅自离职给用人单位造成的损失，但这并不等同于可以扣发其全部工资。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，与劳动者是否擅自离职无直接关联。
三、合法扣发工资的情形
根据相关法律法规，用人单位在以下情形下可以扣发劳动者的工资：
劳动者造成经济损失：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
法定扣发情形：如劳动者因违法犯罪被依法追究刑事责任，或者因违反治安管理处罚法等法律法规被行政拘留等，用人单位在特定情况下可以依据相关规定扣发其工资。但这些情形与擅自离职无直接关联。
四、入职承诺书的效力
入职承诺书是劳动者与用人单位在入职时签订的一种协议，其中可能包含劳动者对遵守用人单位规章制度、履行劳动合同等事项的承诺。然而，入职承诺书中的内容不得违反法律法规的强制性规定。如果入职承诺书中关于擅自离职扣发全部未付工资及福利的条款违反了法律法规的规定，那么该条款将被视为无效。
五、建议与措施
劳动者角度：如果劳动者在入职时签订了包含此类不合法条款的入职承诺书，可以与用人单位协商修改或删除该条款。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
用人单位角度：用人单位在制定规章制度或签订劳动合同时，应当确保内容合法合规，不得违反法律法规的强制性规定。同时，用人单位应当加强劳动法律法规的学习和培训，提高自身的法律意识和合规水平。
综上所述，入职承诺书中关于擅自离职扣发全部未付工资及福利的条款在大多数情况下是不合法的。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议和帮助。