约定按底薪计算补偿是否合理，需分情况讨论，具体如下：

1. 若劳动合同或规章制度中有明确约定：

   • 合理性分析：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者在劳动合同中可以就劳动报酬、福利待遇等事项进行约定。若双方在劳动合同或规章制度中明确约定了按底薪计算补偿的方式，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种约定是具有法律效力的，双方应当遵守。
   • 建议：对于劳动者而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资福利、补偿计算等方面的约定，确保自己的权益得到充分保障。若对合同条款有疑问或不满，应及时与用人单位沟通协商，必要时可寻求法律帮助。

2. 若劳动合同或规章制度中无明确约定，但双方协商一致：

   • 合理性分析：在劳动合同或规章制度未明确约定补偿计算方式的情况下，若双方通过协商达成一致意见，同意按底薪计算补偿，这种约定也是有效的。因为民事法律行为以意思自治为原则，双方自愿达成的协议，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，即具有法律效力。
   • 建议：在协商过程中，劳动者应充分表达自己的诉求和意见，确保协商结果能够反映自己的真实意愿。同时，建议将协商结果以书面形式固定下来，以便在后续发生争议时作为证据使用。

3. 若劳动合同或规章制度中无明确约定，且双方未协商一致：

   • 合理性分析：在这种情况下，若用人单位单方面决定按底薪计算补偿，可能构成对劳动者权益的侵害。因为根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在解除或终止劳动合同时，应当按照法律规定或双方约定向劳动者支付经济补偿。若双方未就补偿计算方式达成一致意见，且劳动合同或规章制度中无明确约定，则应按照法律规定或行业惯例进行计算。
   • 法律后果：若用人单位未按法律规定或双方约定支付经济补偿，劳动者有权向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，要求用人单位支付应得的补偿。若对仲裁结果不服，还可以向人民法院提起诉讼。
   • 建议：对于劳动者而言，在遇到这种情况时，应首先与用人单位进行沟通协商，尝试达成一致意见。若协商无果，则应及时向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，以维护自己的合法权益。

额外提醒：

• 在计算经济补偿时，除了考虑底薪外，还应考虑劳动者的实际工作年限、工资水平等因素。根据《劳动合同法》的规定，经济补偿的计算基数通常为劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
• 若劳动者对用人单位的补偿计算方式有疑问或不满，建议及时咨询专业律师或法律机构，以便获得更准确的法律意见和帮助。

总结：约定按底薪计算补偿的合理性取决于劳动合同或规章制度中的约定以及双方的协商情况。在签订劳动合同时，劳动者应仔细阅读合同条款；在协商补偿计算方式时，应充分表达自己的诉求和意见；在遇到争议时，应及时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。