核心结论：节假日加班发工资后扣减假期的情况，需分不同性质假期及是否依法支付加班工资来计算，具体如下：

1. 法定节假日加班

   • 法律规定：根据《劳动法》第四十四条，法定节假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬，且不得以调休等方式替代。这意味着法定节假日加班必须支付三倍工资，同时劳动者仍享有该法定节假日的休息权利，不存在扣减假期的情况。例如，劳动者在春节法定假日（初一、初二、初三）加班，用人单位应支付三倍工资，且劳动者之后仍可享受春节其他假期（如调休形成的假期等）。
   • 违规后果：如果用人单位在支付法定节假日三倍工资后扣减劳动者假期，属于违法行为。劳动者有权要求用人单位纠正，若用人单位拒不改正，劳动者可向劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正，并可能对用人单位处以罚款等处罚；劳动者也可通过申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣减假期对应的工资损失等。

2. 休息日加班

   • 法律规定：休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。也就是说，休息日加班，用人单位可以优先安排劳动者补休，如果不能安排补休的，才需支付两倍工资。例如，劳动者在周末加班，用人单位可以在后续安排劳动者在其他时间补休，若无法安排补休，则支付两倍工资。
   • 扣减假期情况分析：如果用人单位已经安排了劳动者休息日加班后的补休，之后又扣减劳动者其他假期，这种做法是否合法需看具体情况。若扣减的是劳动者依法享有的年假、婚假等法定假期，属于违法行为。劳动者可依据相关法律法规，要求用人单位恢复被扣减的假期或给予相应的经济补偿；若扣减的是用人单位内部规定的福利假期等，需看用人单位的规章制度是否合法合理以及是否经过民主程序制定并公示等。如果规章制度合法有效，且明确规定了相关福利假期的扣减情形，用人单位的扣减行为可能合法；反之，则可能违法。

3. 年休假加班

   • 法律规定：单位确因工作需要不能安排职工休年休假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年休假。对职工应休未休的年休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。也就是说，用人单位安排劳动者年休假加班且不安排补休的，需支付三倍工资（扣除正常工作期间工资后实际支付两倍工资）。
   • 扣减假期情况分析：年休假是劳动者依法享有的假期，用人单位不能随意扣减。如果用人单位在支付了年休假加班工资后，又扣减劳动者其他假期，同样需根据扣减假期的性质来判断。若扣减的是法定假期，属于违法；若扣减的是内部福利假期，需依据合法有效的规章制度来判断。

建议：如果遇到节假日加班发工资后被扣减假期的情况，劳动者应先与用人单位协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在处理此类问题时，劳动者要注意收集和保留相关证据，如加班记录、工资支付凭证、用人单位扣减假期的通知等。