结论：车主因司机开车刮蹭而扣工资的行为，一般不合法，但具体是否合法需根据双方约定及实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动关系角度分析
若司机与车主存在劳动关系：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位（车主）不得随意克扣或拖欠。
- 如果司机在执行工作任务过程中因过失造成车辆刮蹭，这通常属于工作过程中的一般过失，并不构成故意或重大过失导致用人单位（车主）直接经济损失的情形。因此，车主以此为由扣减司机工资，可能缺乏法律依据。
- 例外情况：如果双方在劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，如“因司机过失导致车辆损坏，需承担一定比例的维修费用，并从工资中扣除”，则车主可能有权按照约定扣减工资。但即便如此，扣减的金额也应合理，且不得超过司机当月工资的20%，同时剩余工资不得低于当地最低工资标准。
若司机与车主不存在劳动关系：
- 如果司机与车主之间是雇佣关系或承揽关系等非劳动关系，那么双方的权利义务主要依据双方之间的约定来确定。
- 在这种情况下，如果双方约定了因司机过失导致车辆损坏需承担赔偿责任，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么车主可能有权要求司机赔偿，并从应支付的报酬中扣除相应金额。但同样，扣减的金额应合理，且不得违反相关法律法规的规定。
二、从实际损失与赔偿角度分析
- 无论双方是否存在劳动关系，如果司机因故意或重大过失导致车辆损坏，且造成了车主的实际经济损失，车主都有权要求司机进行赔偿。
- 但是，赔偿的方式和金额应合理，且应遵循相关法律法规的规定。例如，如果双方无法就赔偿金额达成一致，车主可以通过法律途径（如诉讼或仲裁）来主张自己的权益，而不是直接扣减司机的工资。
三、建议与注意事项
对于司机：
- 在工作过程中应尽到合理的注意义务，避免因过失导致车辆损坏。
- 如果车主提出扣减工资的要求，应要求车主提供合理的依据和计算方式，并考虑咨询专业律师以维护自己的合法权益。
对于车主：
- 在与司机签订劳动合同时或形成其他法律关系时，应明确双方的权利义务和责任承担方式。
- 如果因司机过失导致车辆损坏并造成实际经济损失，应与司机协商合理的赔偿方案，并遵循相关法律法规的规定进行操作。
总结：车主因司机开车刮蹭而扣工资的行为，在一般情况下可能缺乏法律依据。但具体是否合法需根据双方约定及实际情况判断。如果双方存在争议或无法协商一致，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的解答，可以直接向我咨询。