关于合同考核款从合同款中扣除后，乙方应向甲方开具发票的金额问题，这主要取决于扣除考核款后实际支付的金额以及双方合同中的具体约定。以下从不同角度进行分析：

1. 若合同中有明确约定：

   • 如果合同中明确规定了考核款的扣除方式以及扣除后乙方应开具发票的金额或比例，那么乙方应严格按照合同约定执行。例如，合同可能规定，考核款从合同总价款中扣除后，乙方需就剩余款项向甲方开具相应金额的发票。

2. 若合同中无明确约定：

   • 在没有合同明确约定的情况下，根据一般的商业惯例和税法规定，乙方应就甲方实际支付的金额（即扣除考核款后的金额）向甲方开具发票。这是因为发票是交易双方经济往来的凭证，应真实反映交易的实际金额。
   • 具体操作：假设合同总金额为X元，考核款为Y元，那么扣除考核款后，甲方实际应支付给乙方的金额为（X-Y）元。乙方应就这（X-Y）元向甲方开具发票。

3. 税务合规性考虑：

   • 乙方在开具发票时，必须确保发票的合法性、真实性和准确性。发票上的金额应与实际交易金额相符，不得虚开或开具与实际交易不符的发票。
   • 如果乙方开具的发票金额与实际交易金额不符，可能会面临税务机关的处罚，包括但不限于罚款、滞纳金等，甚至可能涉及刑事责任。

4. 建议与注意事项：

   • 在签订合同时，双方应尽可能明确约定考核款的扣除方式、开具发票的金额或比例等条款，以避免后续争议。
   • 如果合同履行过程中出现考核款扣除的情况，双方应及时沟通并确认开具发票的金额，确保税务合规性。
   • 如果对发票开具金额有疑问或争议，建议双方协商解决或寻求专业法律意见，以避免不必要的法律风险。

总结来说，乙方应向甲方开具发票的金额主要取决于扣除考核款后实际支付的金额以及双方合同中的具体约定。在没有明确约定的情况下，乙方应就甲方实际支付的金额开具发票，并确保发票的合法性、真实性和准确性。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律意见。