关于合同付款中损失扣减后开票的问题，结论上需分情况讨论：

1. 若合同明确约定损失扣减及开票方式：

   • 遵循合同约定：首先，应查看合同中是否明确规定了损失扣减的具体方式以及开票的具体要求。如果合同中已经明确约定了损失扣减后如何开票（例如，是开一张总金额扣除损失后的发票，还是分别开损失扣减的发票和剩余款项的发票），则应严格按照合同约定执行。
   • 合同解释原则：若合同条款存在歧义或不明确，应依据《民法典》中关于合同解释的规定，结合合同目的、交易习惯以及诚信原则进行解释，以确定双方的真实意图。

2. 若合同未明确约定损失扣减及开票方式：

   • 协商确定：在合同未明确约定的情况下，双方应首先通过友好协商的方式确定损失扣减的具体方式以及开票的具体要求。协商过程中，可以参考行业惯例、交易习惯以及公平合理原则。
   • 法律原则适用：若协商无果，可以依据《民法典》中关于合同履行、违约责任以及税收法律的相关规定，结合实际情况，确定损失扣减及开票的合理方式。例如，从税收管理的角度，通常建议按照实际交易金额开具发票，以避免税务风险。
   • 开票方式建议：
     • 开一张发票：如果损失扣减后，双方同意以剩余款项作为交易金额，并开具一张发票，这种方式在操作上较为简便，且符合税收管理的要求。但需注意，发票上应准确反映实际交易金额，避免虚开发票等违法行为。
     • 开两张发票：如果双方希望分别记录损失扣减和剩余款项，可以协商开具两张发票。一张发票记录损失扣减的金额（可能作为负数或折扣处理），另一张发票记录剩余款项的金额。但这种方式在操作上可能较为复杂，且需确保两张发票的合计金额与合同总金额一致，以避免税务和法律风险。

3. 税务合规性考虑：

   • 遵守税收法律：无论选择哪种开票方式，都必须严格遵守税收法律的相关规定，确保发票的真实性、合法性和有效性。
   • 避免税务风险：不得虚开发票、伪造发票或进行其他违法税务行为，以免面临税务处罚和法律责任。

4. 实际操作建议：

   • 明确合同条款：在签订合同时，应尽可能明确损失扣减的具体方式以及开票的具体要求，以避免后续争议。
   • 保留相关证据：在合同履行过程中，应保留好与损失扣减和开票相关的所有证据，如协商记录、付款凭证、发票等，以备不时之需。
   • 及时咨询专业人士：如果对损失扣减和开票问题存在疑问或不确定，应及时咨询专业律师或税务师，以确保合法合规。

在实际操作中，建议根据合同约定、双方协商以及税务合规性等因素综合考虑，选择最适合的开票方式。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。