合同中关于“开票金额减银行手续费付款”的条款，可按以下要点进行设计，以确保条款合法、明确且具备可操作性：
明确约定付款金额的计算方式
在合同中应明确约定，付款金额为开票金额扣除银行手续费后的净额。例如：“买方应按照卖方开具的发票金额扣除实际发生的银行手续费后，向卖方支付剩余款项。”
同时，可进一步细化银行手续费的计算方式，如：“银行手续费以实际发生为准，由买方在付款时直接扣除，并提供相关手续费凭证供卖方核对。”
约定银行手续费的承担方
需明确银行手续费由哪一方承担。若由买方承担，则条款可表述为：“买方负责支付因本次交易产生的银行手续费，并在付款时从发票金额中扣除该费用。”
若由卖方承担，则条款可表述为：“卖方同意承担因本次交易产生的银行手续费，买方无需在付款时扣除该费用。”
建议：根据交易习惯和双方谈判地位，合理分配银行手续费的承担方，并在合同中明确约定，以避免后续争议。
约定发票开具与付款的时间节点
为避免因发票开具与付款时间不一致导致的纠纷，合同中应明确约定发票开具的时间和付款的时间。例如：“卖方应在货物交付后[X]个工作日内开具合法有效的增值税专用发票，买方应在收到发票并核对无误后[X]个工作日内，按照开票金额扣除银行手续费后的净额支付款项。”
约定银行手续费的凭证提供义务
为确保银行手续费的扣除有据可依，合同中可约定买方有义务在付款时提供银行手续费的相关凭证，供卖方核对。例如：“买方在付款时，应向卖方提供银行手续费的实际发生凭证（如银行回单等），以便卖方核对并确认扣除金额。”
约定违约责任
为保障合同的履行，合同中应明确约定若一方未按约定支付款项或提供凭证的违约责任。例如：“若买方未按约定时间支付款项或未提供银行手续费凭证，应按照未支付金额的[X%]向卖方支付违约金；若卖方未按约定时间开具发票，应按照未开具发票金额的[X%]向买方支付违约金。”
示例条款：
“买方应按照卖方开具的发票金额扣除实际发生的银行手续费后，向卖方支付剩余款项。银行手续费以实际发生为准，由买方在付款时直接扣除，并提供相关手续费凭证供卖方核对。卖方应在货物交付后[X]个工作日内开具合法有效的增值税专用发票，买方应在收到发票并核对无误后[X]个工作日内完成付款。若买方未按约定时间支付款项或未提供银行手续费凭证，应按照未支付金额的[X%]向卖方支付违约金。”
注意事项：
如有进一步疑问或需要针对具体交易场景设计合同条款，可直接向我咨询。