结论前置：在合同履行了部分后，若对方违约并需扣除违约损失，是否需要开票取决于违约损失的性质及税务法规的规定。以下从不同角度进行分析。
一、违约损失的性质与开票要求
违约损失作为价外费用：
- 若违约损失被视为合同价款的一部分或价外费用（如因违约导致的额外赔偿），根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及相关规定，这部分费用通常需要纳入销售额计算增值税，并开具相应的发票。
- 法律依据：根据《增值税暂行条例》第六条，销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用。价外费用包括向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。
违约损失作为独立赔偿：
- 若违约损失被视为独立的赔偿，且不属于合同价款或价外费用，则是否需要开票可能取决于双方的具体约定及税务机关的认定。
- 在实践中，若双方约定违约损失需通过发票进行结算，或税务机关要求开具发票以证明交易的合法性，则应开具发票。
- 实务建议：为避免税务风险，建议在合同中明确违约损失的处理方式，包括是否需要开票及开票的具体要求。
二、税务法规的遵循
- 增值税方面：根据《增值税暂行条例》及其实施细则，纳税人发生应税销售行为，应向索取增值税专用发票的购买方开具增值税专用发票，并在增值税专用发票上分别注明销售额和销项税额。若违约损失属于应税范围，则应开具发票。
- 企业所得税方面：根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。若违约损失属于企业实际发生的合理支出，且符合税前扣除的条件，则可在企业所得税前扣除。但扣除时通常需要提供相关的证明材料，发票是其中之一。
三、实务操作与风险防范
- 合同条款明确：在合同中明确约定违约损失的处理方式，包括是否需要开票、开票的类型（如增值税专用发票或普通发票）及开票的时间等。
- 税务合规：确保在处理违约损失时遵守税务法规，避免因未开票或开票不合规而引发的税务风险。
- 证据保留：保留与违约损失相关的所有证据，包括合同、违约通知、赔偿协议、发票等，以备税务机关或法院查验。
总结与建议：在合同履行了部分后，若对方违约并需扣除违约损失，是否需要开票取决于违约损失的性质及税务法规的规定。为避免税务风险，建议在合同中明确违约损失的处理方式，并确保在处理过程中遵守税务法规。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。