三方协议中甲方盖章处未填写意见，协议是否有效需分情况讨论：

1. 若协议内容完整且各方已实际履行：

   • 即使甲方在盖章处未填写意见，只要协议内容明确、各方意思表示真实，且协议已实际履行（如款项支付、货物交付等），该协议通常仍会被认定为有效。因为法律强调的是当事人的真实意思表示和协议的实际履行情况，形式上的瑕疵（如未填写盖章意见）并不必然导致协议无效。

2. 若协议内容存在争议或未实际履行：

   • 在这种情况下，甲方未填写盖章意见可能成为争议点。如果协议内容存在模糊或不明确之处，且各方对协议条款的理解存在分歧，未填写盖章意见可能被视为甲方对协议内容未予确认或保留意见，从而影响协议的效力认定。此时，法院或仲裁机构可能会结合其他证据（如协商记录、往来函件等）来综合判断甲方的真实意思表示。

3. 从形式要件角度分析：

   • 根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效。合同成立一般需要具备要约、承诺两个阶段，且当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。然而，这并不意味着盖章处必须填写具体意见。盖章本身即表示对合同内容的认可和接受，除非合同中有特别约定或法律另有规定。

4. 建议与风险提示：

   • 对于甲方：在签署三方协议时，应仔细阅读协议内容，确保对协议条款无异议后再盖章。如果确实需要表达特定意见或保留某些权利，可以在盖章处或协议其他位置明确注明。
   • 对于其他方：在接收甲方盖章的协议时，应检查盖章处是否清晰、完整，并确认甲方是否已表达明确意见。如果发现盖章处存在瑕疵或甲方意见不明确，应及时与甲方沟通并补充完善相关手续。
   • 风险提示：如果协议内容存在争议或未实际履行，且甲方未填写盖章意见，可能增加协议效力认定的不确定性。因此，各方在签署协议前应充分协商、明确条款，并在签署后妥善保管协议原件及相关证据材料。

总结来说，三方协议中甲方盖章处未填写意见并不必然导致协议无效，但可能影响协议效力认定的清晰度和确定性。因此，各方在签署协议时应谨慎对待盖章环节，确保协议内容明确、各方意思表示真实，并在必要时补充完善相关手续。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。