结论：签合同付款时备注用另外一个公司付款，在法律上是可行的，但需满足一定条件并注意相关风险。以下从不同角度进行分析：

1. 合同主体与付款主体不一致的合法性

   • 法律原则：合同具有相对性，原则上应由合同签订方履行付款义务。但若合同双方明确约定或事后达成合意，允许第三方代为付款，则该行为合法有效。
   • 实务操作：建议在合同中增加“第三方付款条款”，明确约定付款公司名称、账号及付款条件，避免后续纠纷。若未提前约定，可通过补充协议或书面确认函（如邮件、微信等）固定双方合意。

2. 税务与发票合规性

   • 发票开具：根据《发票管理办法》，销售方应向实际购买方开具发票。若付款方与合同主体不一致，需确保发票抬头与合同主体一致，否则可能涉及虚开发票风险。
   • 税务处理：若付款公司要求发票抬头为其名称，需与合同主体协商变更合同主体或签订三方协议，明确权利义务关系，避免税务风险。

3. 潜在风险与防范

   • 付款方违约风险：若付款公司未按约定付款，合同相对方可能以“非合同主体”为由拒绝追责。建议要求付款公司出具付款承诺函，明确其付款义务及违约责任。
   • 合同履行争议：若合同履行过程中出现纠纷，付款公司可能以“非合同主体”为由主张无权干预。建议在合同中明确第三方付款的性质（如代付、委托付款等），避免权利义务模糊。

4. 实务建议

   • 优先合同约定：在签订合同时，明确约定付款方式及第三方付款条款，减少后续争议。
   • 书面确认合意：若未提前约定，务必通过书面形式（如补充协议、确认函）固定双方对第三方付款的合意。
   • 税务合规审查：确保发票开具、税务处理符合法律规定，避免因形式瑕疵导致税务风险。

总结：签合同付款时备注用另外一个公司付款，需以合同约定或双方合意为前提，并注意税务合规与风险防范。如有具体操作需求，可直接向我咨询，我将结合您的实际情况提供进一步建议。