结论：在符合特定条件的情况下，是可以与一个公司签订合同，但给另外一个公司付款的，不过这可能存在一定法律风险，需要谨慎处理。以下从不同角度为你详细分析：

从合同相对性原则角度

合同相对性原则是合同法的基本原则之一，它强调合同只在特定的当事人之间发生法律约束力，即合同关系只能发生在合同双方之间，只有合同当事人一方能基于合同向对方提出请求或提起诉讼，而不能向与其无合同关系的第三人提出合同上的请求，也不能擅自为第三人设定合同上的义务。

一般情况下，按照合同相对性，与谁签订合同就应当向谁履行付款义务。如果违反这一原则，比如和A公司签合同却给B公司付款，可能会面临合同相对方（A公司）的异议，A公司可能会以未收到款项为由主张你方违约，要求你方继续履行付款义务或者承担违约责任。

从存在合法事由的角度

如果存在一些合法合理的事由，这种操作是可行的，常见的情况有以下几种：

1. 三方协议：如果与合同签订方（A公司）、实际收款方（B公司）达成三方协议，明确约定由你方向B公司付款，且该约定不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体和第三人的利益，那么这种付款方式是合法有效的。在三方协议中，需要清晰界定各方的权利义务，比如明确付款的条件、时间、金额，以及如果出现问题时各方的责任承担等。
2. 指示交付或债权转让：A公司可以通过指示交付的方式，要求你方将款项支付给B公司。或者A公司将其对你方的债权转让给B公司，并通知了你方，在这种情况下，你方向B公司付款也是符合法律规定的。不过，无论是指示交付还是债权转让，都需要有明确的证据证明相关意思表示的真实性和合法性，比如书面的指示文件、债权转让通知等。
3. 特定业务场景下的行业惯例或特殊安排：在某些特定的业务领域，可能存在行业惯例或者基于业务合作的特殊安排，允许这种与签约方不同主体的付款方式。但这种情况需要有充分的证据证明这种惯例或安排的存在，并且要确保不违反法律法规的强制性规定。

从税务和财务角度

即使存在合法事由可以这样操作，还需要考虑税务和财务方面的问题。从税务角度看，这种付款方式可能会涉及到发票的开具和税款的缴纳等问题。一般来说，付款方应当取得与业务相对应的合法发票，如果与A公司签合同却给B公司付款，需要确保发票的开具符合税务规定，否则可能会面临税务风险，比如无法进行税前扣除等。从财务角度看，这种操作可能会影响公司的财务核算和审计，需要做好相应的财务记录和说明，以避免出现财务混乱或违规的情况。

建议：如果确实有与一个公司签合同但给另外一个公司付款的需求，一定要事先与合同签订方进行充分沟通，达成一致意见，并签订相关的协议或取得合法的书面文件，明确各方的权利义务和责任。同时，要咨询专业的财务和税务人员，确保这种操作在财务和税务方面符合规定。如果你还有其他关于合同方面的疑问，欢迎继续向我咨询。