多个合同由一个公司一起付款在法律上是可行的，但需满足一定条件并注意相关风险。具体分析如下：

1. 合同约定与付款方式
   若多个合同中均明确约定了“可合并付款”或未禁止合并付款，且付款方（公司）与收款方在履行过程中达成一致，则合并付款不违反合同约定。例如，合同中可能约定“买方有权根据实际需求选择分批或合并支付货款”，此类条款为合并付款提供了合法依据。
   若合同未明确约定付款方式，根据《民法典》第五百一十条，双方可协商补充约定；若无法达成一致，需结合交易习惯、合同目的等综合判断。例如，长期合作中双方默认合并付款的，可能被认定为交易习惯。

2. 财务与税务合规性
   合并付款需确保财务记录清晰，能够区分每份合同对应的付款金额、时间及用途，以避免税务风险或审计问题。例如，公司需在财务系统中为每份合同单独建账，或在合并付款时附明细清单，注明每份合同的付款比例。
   若合并付款导致收款方无法准确核算收入（如混淆不同税目的收入），可能引发税务争议。建议双方在付款时明确标注合同编号及金额，并保留书面记录。

3. 法律风险与防范

   • 合同履行风险：若合并付款导致某份合同未足额支付，可能构成违约。例如，合同A约定付款100万元，合同B约定付款50万元，若合并支付120万元且未明确分配，可能被认定为合同A未足额履行。
     
   • 证据保留风险：合并付款时，双方需保留付款凭证（如银行转账记录）及分配说明，以证明每份合同的履行情况。若发生纠纷，付款方需举证证明款项分配与合同约定一致。
     
   • 建议措施：
     
     • 在合同中增加“合并付款条款”，明确付款方式及分配规则；
       
     • 付款时附书面说明，列明每份合同的付款金额；
       
     • 定期与对方对账，确认每份合同的履行进度。

4. 特殊场景的注意事项

   • 政府采购或建设工程合同：此类合同通常对付款流程有严格规定（如按进度付款），合并付款可能违反监管要求，需提前确认合规性。
     
   • 涉外合同：若合同适用外国法律或涉及跨境支付，需考虑货币兑换、外汇管制等问题，合并付款可能增加操作复杂性。

总结：合并付款本身不违法，但需以合同约定为基础，并确保财务、税务合规及风险可控。若您需进一步设计合并付款条款或审查现有合同，可直接向我咨询具体方案。