结论：一家公司两个合同能否同时打款，需结合合同约定、资金性质、财务制度及法律规定综合判断，具体分以下情况说明：
1. 合同明确约定独立付款条款
若两份合同均明确约定“付款义务独立履行，互不影响”，且公司财务制度允许同时支付多笔款项（如资金充足、审批流程合规），则可以同时打款。
法律依据：根据《民法典》第465条，依法成立的合同受法律保护，当事人应按约定履行义务。若合同未禁止同时付款，且不违反法律强制性规定（如反洗钱规定），公司有权自主决定付款时间。
注意点：需确保两笔款项的用途、金额与合同一致，避免因付款混淆引发纠纷（如误将A合同款项付至B合同账户）。
2. 合同存在关联性或付款限制
若两份合同存在依赖关系（如主合同与从合同），或合同明确约定“需先履行A合同付款义务后，方可支付B合同款项”，则不能同时打款，否则可能构成违约。
法律依据：根据《民法典》第526条，当事人互负债务，有先后履行顺序的，先履行一方未履行的，后履行一方有权拒绝其履行请求。
示例：若B合同约定“甲方需在收到A合同全部货款后，方支付B合同预付款”，则公司需先完成A合同付款，否则B合同相对方有权拒绝收款。
3. 公司财务制度或资金性质限制
即使合同允许同时付款，若公司内部财务制度规定“同一项目下合同需合并付款”，或资金来源为专项贷款（需专款专用），则可能无法同时打款。
法律依据：根据《企业财务通则》第17条，企业应建立财务预算制度，对资金使用进行合理规划。若公司制度明确限制，违反制度可能导致内部责任追究。
建议：公司应提前与财务部门沟通，确认资金使用规则，避免因内部流程延误付款。
4. 法律禁止性规定
若两份合同涉及非法目的（如虚构交易套取资金），或付款行为违反税收、外汇管理等规定（如未申报跨境付款），则不仅不能同时打款，还可能面临行政处罚或刑事责任。
法律依据：根据《刑法》第194条，虚构交易套取银行信贷资金可能构成贷款诈骗罪；根据《外汇管理条例》第45条，私自买卖外汇可能被处以罚款。
警示：公司需确保合同及付款行为合法合规，避免因违规操作引发法律风险。
总结建议
如有具体合同文本或付款场景，可进一步提供细节，我将为您分析具体风险点。