针对您提出的问题，即原合同作废且已支付金额作为新合同已支付金额时，付款应如何备注，以下是我的详细解答：

1. 明确备注内容：

   • 在进行付款备注时，应首先明确标注“原合同作废，此笔款项为新合同已支付金额”。这样的备注能够清晰表明款项的性质和用途，避免后续可能产生的误解或纠纷。

2. 注明合同编号及日期：

   • 除了上述基本备注外，还应注明新合同的编号以及付款日期。合同编号有助于双方快速识别和关联合同，而付款日期则能明确款项的支付时间，为后续的财务记录和审计提供便利。

3. 保留相关证据：

   • 在完成付款并备注后，建议保留好付款凭证、新合同以及原合同作废的相关证明文件。这些证据在后续可能出现的争议中具有重要的证明作用，能够确保您的权益得到充分保障。

4. 与对方沟通确认：

   • 在进行付款备注前，最好与对方进行沟通确认，确保双方对款项的性质和用途有共同的理解。这有助于减少后续可能出现的误解或纠纷，确保交易的顺利进行。

综上所述，当原合同作废且已支付金额作为新合同已支付金额时，付款备注应明确标注款项性质、注明合同编号及日期，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。