结论：从法律风险防控和财务规范管理的角度，建议修改付款回单上的备注为新合同号，但需结合具体场景判断是否必须修改。以下分情况详细说明：

一、必须修改的情形

1. 合同主体或核心条款变更
   若新合同与原合同在主体名称、标的物、价款、履行期限等核心条款上存在实质性变更（例如：原合同甲方为A公司，新合同变更为B公司；或原合同金额100万，新合同调整为150万），此时付款回单备注原合同号可能导致：

   • 财务对账风险：企业财务系统可能因合同号与付款金额不匹配，无法自动关联新合同，需人工核查，增加出错概率；
     
   • 税务合规风险：若涉及增值税专用发票，合同号与付款记录不一致可能被税务机关质疑交易真实性，尤其在“三流一致”（合同流、资金流、货物流）核查中可能引发风险；
     
   • 法律证据效力风险：若发生纠纷，对方可能主张“付款与新合同无关”，需额外举证付款实际对应新合同，增加诉讼成本。

2. 新合同明确约定“原合同作废”
   若新合同中已写明“自本合同生效之日起，原合同（编号：XXX）终止”，则付款回单备注原合同号可能被解读为“履行原合同义务”，与新合同约定冲突，存在违约风险。

二、可暂不修改的情形

1. 合同仅补充性变更
   若新合同为原合同的补充协议（例如：仅延长履行期限、增加违约金条款，未变更主体或核心交易内容），且双方明确约定“原合同继续有效，补充协议与原合同不可分割”，此时付款回单备注原合同号不影响交易实质，可暂不修改，但需在补充协议中明确“付款仍按原合同号备注，但实际对应补充协议内容”。

2. 企业内部财务流程允许
   若企业财务制度明确规定“付款回单备注原合同号，但通过内部系统关联新合同”（例如：在付款申请单中注明新合同号，财务系统自动匹配），且能确保审计时可追溯资金流向，则可暂不修改备注，但需保留内部关联证据（如系统截图、审批记录）。

三、操作建议

1. 优先修改备注：若无法明确判断是否必须修改，建议以“防范风险”为原则，直接修改为新合同号，避免后续争议；
   
2. 补充说明材料：若因系统限制等原因无法修改备注，可在付款时附书面说明（如加盖公章的《付款说明函》），载明“本次付款（金额：XXX元）对应新合同（编号：XXX），原合同号备注系系统限制，以本说明为准”；
   
3. 同步更新内部记录：无论是否修改备注，均需在企业财务系统、合同管理系统中将付款记录与新合同关联，确保内部台账清晰。

总结：合同变更后，付款回单备注应与实际履行的合同一致，这是降低法律风险、保障财务合规的基本要求。若您对具体合同变更内容或财务流程有疑问，可直接向我提供合同文本及付款场景细节，我会进一步分析风险点并给出针对性建议。