在签署补充协议时，原合同一般无需直接备注，但建议通过补充协议明确其与原合同的关系，并在原合同保管时做好标注或附注说明。具体可从以下角度展开说明：

1. 补充协议与原合同的关系
   补充协议的本质是对原合同的修改、补充或细化，其效力通常优先于原合同中冲突的条款。因此，无需在原合同文本上直接修改或备注，而是通过补充协议明确“本协议为原合同的补充，与原合同具有同等法律效力，冲突部分以本协议为准”等表述，即可实现法律上的关联。

2. 原合同保管的实务建议
   虽然法律上无需备注，但为便于管理，建议在原合同复印件或电子版中标注“已签署补充协议，详见附件”，或在合同档案封面、目录中记录补充协议的签署日期、编号等信息。若原合同为纸质版，可在首页空白处手写备注（需签字或盖章确认），但需注意保持原合同文本的完整性。

3. 特殊情形下的处理

   • 若补充协议涉及原合同核心条款（如价款、履行期限），建议将补充协议与原合同装订成册，并在原合同修改处加盖骑缝章，以强化证据效力。
     
   • 若原合同为格式合同且未预留备注空间，可通过补充协议开头明确引用原合同名称、编号及签署日期，例如“鉴于甲乙双方于XX年XX月XX日签署《XX合同》（编号：XXX），现就相关事项补充约定如下……”。

提示：补充协议的内容需具体、明确，避免使用“另行协商”“按惯例”等模糊表述。若涉及重大条款变更，建议双方在补充协议中重申“除本协议约定外，原合同其他条款继续有效”，以减少争议风险。如有具体条款设计需求，可进一步向我说明合同类型及变更内容。