结论：建工合同纠纷中，若未约定项目所在地法院专属管辖，而约定了其他地方的仲裁，该仲裁条款在符合法定条件时是有效的。
分析说明：
仲裁条款的独立性：
- 仲裁条款具有独立性，即仲裁条款的效力不受合同其他部分效力的影响。即使合同中的其他条款无效或被撤销，仲裁条款仍然有效，除非仲裁条款本身存在无效情形。
仲裁条款的有效性条件：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第十六条，仲裁协议应当具有下列内容：（一）请求仲裁的意思表示；（二）仲裁事项；（三）选定的仲裁委员会。只要仲裁条款满足这些条件，且不存在《仲裁法》第十七条规定的无效情形（如约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等），则仲裁条款有效。
建工合同纠纷的管辖：
- 建工合同纠纷通常属于合同纠纷的一种，其管辖法院一般按照合同纠纷的管辖原则确定。虽然《民事诉讼法》第三十四条规定了不动产纠纷由不动产所在地人民法院专属管辖，但这一规定主要适用于因不动产的权利确认、分割、相邻关系等引起的物权纠纷。对于建工合同纠纷，如果合同中没有特别约定，且不属于必须由不动产所在地法院管辖的情形，则当事人可以约定仲裁解决纠纷。
仲裁与诉讼的选择：
- 当事人在合同中约定仲裁条款后，即排除了法院的管辖权。这意味着，一旦发生纠纷，当事人应当向约定的仲裁委员会申请仲裁，而不能向法院提起诉讼。当然，如果仲裁条款无效或存在其他法定情形导致仲裁无法进行，当事人仍然可以向法院提起诉讼。
特殊场景：
- 如果建工合同纠纷确实涉及不动产的权利确认、分割、相邻关系等物权纠纷，且当事人未约定仲裁，则应当由不动产所在地人民法院专属管辖。但在此情况下，如果当事人仍然约定了仲裁，且仲裁条款有效，则仲裁条款将排除法院的专属管辖权，当事人应当通过仲裁解决纠纷。不过，这种情形下的仲裁条款可能会因违反法律强制性规定而面临被认定无效的风险，具体需结合案件实际情况和仲裁机构的审查意见来判断。
行动建议：
- 在签订建工合同时，当事人应当明确约定纠纷解决方式。如果选择仲裁，应当确保仲裁条款符合法定条件，并明确约定仲裁委员会的名称和仲裁规则。
- 如果发生建工合同纠纷，当事人应当首先审查合同中的仲裁条款是否有效。如果仲裁条款有效，则应当向约定的仲裁委员会申请仲裁；如果仲裁条款无效或存在其他法定情形导致仲裁无法进行，则可以考虑向法院提起诉讼。
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