针对您提出的“协议的抚养费过高，但实际支付的对方也接受了，后期起诉补偿应该怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，即便双方在协议中约定的抚养费数额较高，且实际支付方也按照该数额进行了支付，但这并不意味着该数额就是不可调整的。如果支付方后续因经济状况恶化或其他合理原因，认为原定的抚养费数额过高，仍然有权寻求法律途径进行调整。
一、协商解决
尝试沟通：
- 支付方可以首先尝试与直接抚养方进行沟通，说明自己的经济状况变化，以及为何认为原定的抚养费数额过高。
- 双方可以基于孩子的实际需要、当地的生活水平以及支付方的实际经济状况等因素，重新协商一个更为合理的抚养费金额。
协商优势：
- 协商方式灵活高效，能够避免不必要的法律纠纷和矛盾激化。
- 有利于维护双方关系和孩子的成长环境，确保孩子能够在一个和谐稳定的家庭氛围中成长。
二、向法院提起诉讼
适用情形：
- 如果双方无法就降低抚养费达成一致，支付方有权向法院提起诉讼，请求调整抚养费数额。
法律依据与证据准备：
- 支付方需要依据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》等相关法律规定，提供充分的证据来证明自己的经济状况无法支撑过高的抚养费。
- 证据可以包括支付方的收入证明（如工资条、银行流水、失业证明等）、孩子的实际生活费用支出明细（包括教育费用、医疗费用、日常生活开销等），以及其他特殊情况证明（如支付方或家庭成员患有重大疾病需支付高额医疗费用等）。
法院判决依据：
- 法院在审理此类案件时，会综合考虑子女的实际需要（包括生活、教育、医疗等方面）、父母双方的负担能力（如收入情况、财产状况）以及当地的实际生活水平（包括物价水平、居民平均消费支出）。
- 最终，法院将依据公平合理的原则，对抚养费数额进行调整，确保抚养费的合理性与公平性。
三、注意事项
- 在处理抚养费问题过程中，无论选择协商还是诉讼方式，都应确保行为合法合规，并遵循相关法律程序。
- 保持冷静和理智，避免因情绪化行为而影响问题的解决。
- 若选择诉讼方式，应提前准备好充分的证据材料，以增加胜诉的可能性。同时，也要做好心理准备，因为诉讼过程可能会相对漫长且复杂。
综上所述，即便双方在协议中约定的抚养费数额较高且已实际支付，支付方仍然有权在后续因经济状况变化等原因寻求法律途径进行调整。建议支付方首先尝试与直接抚养方进行协商解决；若协商无果，则可依法向法院提起诉讼，请求调整抚养费数额。