当公司面临未签劳动合同的员工申请仲裁时，这是一个需要谨慎且全面应对的法律问题。以下是一套清晰、详细且具有深度的应对策略，旨在帮助公司维护合法权益并降低法律风险：
一、前期准备与证据梳理
核实仲裁请求与证据：
- 仔细审查员工的仲裁请求，明确其主张的双倍工资差额、拖欠工资、加班费等具体诉求。
- 分析员工提交的证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录等，评估这些证据的证明力和可能对公司产生的影响。
收集公司证据：
- 整理公司的考勤记录、工作成果交付记录、工资发放记录等，以证明员工的实际工作情况和公司的支付情况。
- 若未签合同的原因在于员工（如员工拒绝签订），则需收集书面通知、沟通记录、证人证言等证据，以证明公司已尽到签订合同的义务。
判断责任归属：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，分析未签劳动合同的责任归属。若公司因疏忽或故意未签，则需承担相应的法律后果，如支付双倍工资差额。
- 咨询专业劳动法律师，获取准确的法律分析和应对策略建议，确保公司的应对措施合法合规。
二、积极参与仲裁程序
提交答辩材料：
- 按时向仲裁委提交答辩材料，针对员工的仲裁请求逐一回应和反驳，阐明公司的立场和理由。
- 答辩材料应条理清晰、逻辑严密，确保能够充分展示公司的观点和证据。
参加庭审与举证：
- 按时参加庭审，公司法定代表人或委托代理人应出庭应诉，维护公司的合法权益。
- 在庭审过程中，有序出示公司收集和整理的相关证据，并清晰说明证据的来源、内容和证明目的。
- 针对员工的主张和证据进行有理有据的辩论，强调公司的合规性和合理性。
尝试协商和解：
- 在法律框架内，尝试与员工进行沟通，寻求和解方案。如协商支付一定补偿以解决纠纷，既体现了公司的诚意，也有助于降低法律风险和成本。
- 注意核对员工申请仲裁的时间，若超出《劳动争议调解仲裁法》规定的一年时效期，可作为抗辩点。
三、后续执行与制度完善
尊重仲裁结果：
- 若仲裁裁决公司需承担责任，应尊重裁决结果，并按裁决书要求履行义务，如支付赔偿金、补签劳动合同等。
- 若认为裁决存在问题，可在法定期限内向有管辖权的人民法院提起诉讼，但需充分评估上诉风险和成本。
完善劳动管理制度：
- 建立健全劳动合同签订管理制度，明确签订流程和责任部门，确保新员工入职时及时签订书面劳动合同。
- 定期组织管理人员和人力资源部门工作人员参加劳动法律法规培训，提高法律意识和风险防范能力。
- 加强对员工劳动合同签订情况的监督和检查，确保劳动合同的签订和履行符合法律法规要求。
综上所述，公司在面对未签劳动合同的员工申请仲裁时，应全面准备、积极应对，并在事后完善管理制度以防范类似风险再次发生。通过合法合规的应对措施，公司可以维护自身的合法权益，降低法律风险，并促进劳动关系的和谐稳定。