公司有质量违法行为时，普通员工是否会被牵连，主要取决于员工在违法行为中的角色、知情程度、参与程度以及是否履行了相应的义务。一般情况下，不知情且未参与的普通员工不会被牵连；但参与、知晓未制止或报告、存在管理失职的员工则可能需要承担法律责任。以下是对此问题的详细分析：
一、员工不被牵连的一般情况
不知情且未参与：
- 如果员工对公司的质量违法行为并不知情，也没有参与其中，完全是按照公司的正常安排履行自己的工作职责，那么他们通常不会被牵连承担法律责任。例如，某公司生产部门员工在不知情的情况下按照生产流程进行操作，无需为公司生产的不合格产品负责。
公司独立法人地位：
- 公司作为独立的法人主体，以其全部财产对公司的债务和违法行为承担责任。这意味着，公司的违法行为通常不会直接导致员工个人承担法律责任，除非员工个人有明确的违法参与行为。
二、员工可能被牵连的情形
直接参与违法活动：
- 如果员工明知公司的行为违法，仍然积极参与其中，那么员工会被牵连，并需要承担相应的法律责任。对于直接实施了核心违法犯罪行为的员工，处罚通常会相对较重。例如，在生产不合格产品的案件中，某些员工负责具体生产环节，明知产品不符合质量标准却仍然生产，这些员工就可能被追究相应的法律责任。
提供帮助或协助：
- 即使员工没有直接实施违法行为，但如果为公司违法行为提供了帮助、协助或掩盖，同样可能被追究责任。例如，公司质检人员明知产品存在质量问题，却仍然出具合格证明，这种情形下，质检人员就构成了对违法行为的帮助，可能会被追究相应责任。
负有管理职责却未尽责：
- 对于公司中负有管理职责的人员，如部门经理、主管等，他们有义务监督和管理下属的工作，确保公司的运营符合法律法规。如果他们对公司的违法行为负有管理不善、纵容或未采取有效措施制止的责任，也可能会被牵连。例如，生产部门经理对产品质量负有管理职责，若其管理的车间生产出不符合质量标准的产品，且该经理未采取有效措施加以制止，那么该经理就需要承担相应的法律责任。
三、员工权益的保护措施
为了降低因公司违法行为而遭受牵连的风险，员工可以采取以下措施来保护自己的权益：
了解法律法规和公司政策：
- 员工应熟悉相关的法律法规以及公司的内部政策和规章制度，确保自己的行为符合法律要求。
保持职业操守和道德标准：
- 员工应坚守职业操守和道德标准，不参与任何违法或不道德的行为。
及时报告和揭露违法行为：
- 如果发现公司存在违法行为，员工应及时向相关部门或监管机构报告，以维护自己和社会的利益。同时，员工也可以考虑通过内部渠道向公司管理层反映问题，寻求解决方案。
寻求法律援助：
- 如果员工因公司的违法行为而面临法律纠纷或风险，他们可以寻求专业的法律援助来维护自己的合法权益。
总结与建议：公司在有质量违法行为时，员工是否会被牵连取决于多种因素。作为员工，应增强法律意识，明确自身责任和义务，确保在公司运营过程中避免不必要的法律风险。如果遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。