结论：招商合同中要求投资方缴纳一定比例的历史文化建筑保护保证金，其合法性需根据具体情况判断，主要从合同自由原则、法律法规限制以及合同目的与条款合理性三个角度进行分析。
合同自由原则角度：
- 在民事法律关系中，合同双方享有广泛的合同自由，包括约定合同内容、条款等。因此，从原则上讲，招商合同中双方可以约定由投资方缴纳一定比例的历史文化建筑保护保证金，作为合同的一部分。
法律法规限制角度：
- 合法性审查：虽然合同自由原则允许双方约定保证金，但这种约定必须遵守国家法律法规的强制性规定。如果相关法律法规明确禁止或限制此类保证金的收取，则该条款可能因违法而无效。例如，若地方性法规或规章对历史文化建筑保护保证金的收取有明确规定，包括收取主体、收取标准、使用范围等，则招商合同中的相关条款必须符合这些规定。
- 具体法规参考：目前，没有一部全国性的法律或行政法规直接规定招商合同中历史文化建筑保护保证金的收取问题。因此，需要具体查阅地方性法规或规章，以及可能涉及的部门规章或规范性文件，以确定该保证金的收取是否合法。
合同目的与条款合理性角度：
- 合同目的：招商合同的目的通常是为了促进地方经济发展、吸引投资等。如果收取历史文化建筑保护保证金是为了确保投资方在开发过程中遵守相关法律法规，保护历史文化建筑不受破坏，那么这种保证金在一定程度上是合理的。
- 条款合理性：然而，即使合同目的合理，保证金的收取比例、方式、使用范围等条款也必须合理。例如，收取比例不应过高，以免给投资方造成过大的经济负担；使用范围应明确限定为历史文化建筑的保护和修复等。如果条款存在不合理之处，可能引发合同纠纷或被认定为无效。
法律建议：
- 对于投资方而言，在签订招商合同前，应仔细审查合同中关于历史文化建筑保护保证金的条款，确保其合法合规且合理。如有疑问或担忧，可咨询专业律师进行法律风险评估。
- 对于招商方而言，应确保合同条款的合法性和合理性，避免因违法或不合理条款而引发合同纠纷或法律责任。同时，应明确保证金的收取目的、使用范围和管理方式，确保专款专用，切实保护历史文化建筑。
可能法律后果：
- 如果招商合同中关于历史文化建筑保护保证金的条款违法或不合理，可能引发合同纠纷。在纠纷解决过程中，法院或仲裁机构将根据相关法律法规和合同条款进行裁决，可能判定该条款无效或要求修改合同条款。
- 如果投资方因缴纳保证金而遭受经济损失，且该损失与招商方的违法行为或不合理条款有关，投资方有权要求招商方承担赔偿责任。
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